1915年12月26日，蔡鍔、唐繼堯、任可澄、李烈鈞、熊克武、戴戡、羅佩金等39位起義骨幹聚集在蔡鍔下榻的昆明八省會館，商討反袁起義的具體事宜。雲南都督府和護國軍第一軍總司令部在這次會議後宣告成立。在震驚全國的護國運動中，有關唐繼堯、蔡鍔在這場運動中的地位、功勞等問題，各路專家學者的爭論一直都沒能停止。
唐蔡兩人一留守一出征
護國軍政權如何組織？蔡鍔、唐繼堯各擔任什麽角色？孫代興在《護國運動史》中描述，在起義前的軍事會議上，蔡鍔和唐繼堯都表示謙讓。唐繼堯表示：“我願意帶兵出征，‘老前輩’蔡公你遠道而來，十分辛苦。你就在雲南留守吧。”蔡鍔則說：“為了國家民族的利益，我願意效命疆場！”雙方都言辭誠懇，最後，大夥商定：蔡鍔統兵征川，唐繼堯留守雲南。並定名：出征者為總司令，留守者為都督，都督和總司令地位平等。涉及公事，兩人必須互相征求意見。關於停戰、議和等事宜，兩人必須達成一致才能做決定。
起義前的軍事會議還確定，雲南先行編製護國第一軍（當時還沒提到在雲南編組第二軍和第三軍），蔡鍔任總司令，統率全部滇軍主力出征。1915年12月26日，護國軍第一軍總司令部在昆明八省會館正式成立。
曾有人提議設“臨時元帥府”
關於留守後方的軍事組織問題，在宣布起義前的軍事會議上也有過爭議。戴戡提議，設立臨時元帥府，推舉臨時元帥，作為臨時總統。同時召集各省議會，作為臨時國會之雛型，建立“臨時政府”的基礎，與北京的袁世凱政府對抗。提議遭到了不少人的反對，認為設元帥府不利於促使其他各省響應起義。於是，黃毓成、李烈鈞、方聲濤、趙又新等人提出，應照中華民國成立時的體製和名稱，設立中華民國雲南都督府，其首腦仍稱“都督”，以為一省之統治機關。這個提議獲得了多數人的支持和與會者的通過。這樣，袁世凱政府的“雲南將軍”和“巡按使”名稱宣布撤消，雲南都督府成立。關於護國軍政府的名稱，在當時的文電中並不是完全統一的。綜合各種記載，專家認為稱“中華民國雲南都督府”較妥。
雲南都督府成立後，製定了《雲南都督府組織條例》。都督唐繼堯任命戴戡、任可澄（原巡按使）為左、右參讚；趙藩、袁嘉穀、張耀曾為參議；由雲龍任秘書廳長，張子貞任參謀廳長，陳廷策任政務廳長，籍忠寅任財政廳長（籍辭職後，由陳鈞繼任）。其後，又增設司法廳，任丁兆冠為司法廳長。並分別擬定了各廳的《辦事
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唐繼堯在早年曾加入同盟會，參與了雲南辛亥起義和護國首義，對資產階級革命立下了功勳。但是護國戰爭以後，唐繼堯野心膨脹，墮落為封建軍閥。他利用護國的威名，以雲南為基地，開始了擴張地盤，對人民實行軍事統治的軍閥生涯。
當護國戰爭剛剛結束，軍事行動事實上已經停止的時候，唐繼堯將護國3軍擴大為8個軍。以“北伐”為名，向四川擴張，企圖盤踞雲貴，控製四川，問鼎中原。1917年，孫中山為了反對北洋軍閥段祺瑞的統治，掀起了“護法”運動，在廣州成立護法軍軍政府。這時，滇係唐繼堯與桂係陸榮廷相呼應，表麵上參加護法，暗地裏進行擴張，對孫中山的護法軍政府不僅不支持，反而明目張膽地拆台和*，使孫中山非常失望，被迫辭去軍政府大元帥，通電斥責滇、桂係軍閥“態度猶屬暖昧，似尚置根本大.法於不顧”；“顧吾國之大患，莫大於武人之爭雄，南與北如一丘之貉。號稱護法之省，亦莫肯俯首於法律及民意之下。”
此後，唐繼堯在雲南倒行逆施，稱王稱霸，對外連年進行戰爭，不斷擴充軍隊，給雲南人民帶來嚴重的災難。對於唐繼堯的軍閥統治，雲南人民十分不滿。1917年唐繼堯準備出師四川時，雲南各界聯名上書，反對唐繼堯出師。1919年五四運動期間，雲南人民掀起反帝反封建鬥爭，也給雲南軍閥統治以沉重打擊。雲南學生界喊出了“打倒列強及軍閥!”“廢除不平等條約!”等口號。
1921年初，入川滇軍第一軍軍長顧品珍不滿唐繼堯的對外擴張，率滇軍返川，進逼昆明，唐繼堯被迫流落香港。1922年3月，唐繼堯與滇南土匪吳學顯等部相勾結，殺害顧品珍，實現“二次回滇”，重掌雲南大權。但畢竟時過境遷，威風大遜於當年，因此也主張什麽“廢督裁兵”、“聯省自治”，但同時又繼續向四川、貴州擴張，卻未能得逞。
1926年下半年，從廣州出發的北伐軍節節勝利，唐繼堯惶惶不安，進一步加緊了與直係軍閥吳佩孚、孫傳芳的勾結，在雲南高唱“反.共”、“討赤”的調子。
1926年11月，中共雲南地下黨組織——中共雲南特別支部成立。為了配合北伐戰爭的進行，中共雲南特別支部組織了以李鑫為首的雲南政治.鬥爭委員會，專門策劃倒唐工作。雲南政治.鬥爭委員會的成員幾乎全是中共雲南黨內負責各團體、各方麵工作的人員，他們推動各社會團體、廣大群眾結成反軍閥鬥爭的統一戰線，並與掌握實權的軍人胡若愚、龍雲等人加強了聯係。1927年1月，雲南政治.鬥爭委員會為了發動群眾，印發了唐繼堯禍滇十大罪狀的材料進行宣傳。
雲南人民反唐鬥爭高漲，眼看唐繼堯統治即將崩潰，昆明鎮守使龍雲、蒙自鎮守使胡若愚、昭通鎮守使張汝驥、大理鎮守使李選廷等四鎮守使不得不聯合起來。要求唐繼堯改革政治。他們向唐繼堯提出要求，改組省政府，靠攏國民黨中央，還政於民等。但唐繼堯未曾理會。1927年2月2日是農曆新年，部隊官兵要求唐繼堯發清曆年所欠軍餉。可是唐繼堯不僅未能發給官兵的欠餉，新年來到也隻發半個月的夥食費，軍中大為不滿，互相鼓噪。四鎮守使利用風潮，趁機調兵進逼昆明。
2月5日晚、6日晨，四鎮守使聯名舉行“兵諫”，發出通電，要求懲辦貪汙，摒除“小人”。電報要求唐繼堯“遠親賢，公開政治，安內睦外，易轍改弦”。事變當日，龍雲派兵把守昆明各城門、要地，並逮捕了唐繼堯手下的20多名民憤大的官員。這就是推翻唐繼堯統治雲南14年之久的“二六”政變。
政變發生時，唐繼堯企圖進行鎮壓，但內部已經分化。當龍雲的野戰部隊進入昆明近郊安寧，胡若愚的軍隊到達宜良，張汝驥的軍隊進到楊林，李選廷的軍隊到達祿豐時，對昆明的包圍即已完成，唐繼堯見大勢已去，被迫交出政權。
2月22日，四鎮守使等在宜良法明寺舉行會議，決定采用合議製，組織省務委員會，通過了省務委員會組織大綱，“擁戴”唐繼堯為有名無實的省務委員會“總裁”。3月15日，省務委員會在昆明成立，以胡若愚、龍雲、張汝驥、李選廷等9人為省務委員會委員，並推胡若愚為省務委員會主席。
唐繼堯並不甘心，曾幾次企圖潛逃或反擊，都未能成功，遂一病不起，延到1927年5月23日去世。