閩都督府
民國初，閩都督府其少數高級官員由臨時大總統委任，餘則用舊人員，全府實有官佐職員159名，福建都督孫道仁。都督府設參謀長、軍政秘書長、高等顧問及行政秘書處。主要辦事機構為軍務司，下轄八科：有軍務、人事、軍事、經理、軍需、執法、醫務、總務科等，共76人。軍務司轄衛隊、陸軍醫院、陸軍監獄。此外，都督府有將校隊安排編餘軍官。都督府除一些差役為雇員外，餘皆軍人。多數人有軍銜，校尉官分步兵、炮兵、騎兵三類，擔任文職工作的軍法官、秘書、書記等不授軍銜。
陸軍第十四師與防衛軍
清末陸軍暫編第十鎮，原為湘軍。辛亥革命後即改為閩軍第一鎮，許崇智為統製。民國元年(1912)8月，南京陸軍部電令改編為福建陸軍第十四師。民國2年4月，許崇智中將奉令暫代師長。轄步兵第17、28旅，每旅2團，每團步兵3營(均缺第2營)；炮兵2營，工兵1營，騎兵、輜重各1連，軍樂1隊。共有官581人，兵7336人，匠夫943人。同年12月5日，第十四師奉令撤消，部隊被遣散。
憲兵1營，官23人，兵147人，匠夫25人。
防衛軍4營、福建長門護台陸軍第五標2營，共有官165人，兵2328人，匠夫236人。
民國元年10月以上三部合計：官769人，兵9811人，匠夫1204人，共11784人。
地方司令部與巡防隊
福州、泉州、漳州(元年10月底撤，合為漳泉)、汀州、廈門、延津(今南平)等地方司令部，編製極不統一，設官參差不齊。福州城守地方司令官兼帶巡防營，設官共10人。除軍需官、書記官外，還有司城官7，差遣員29，先鋒隊先鋒官28。泉州地方司令部設執事官等13人。汀州地方司令部設官2人。延津(又稱延建)地方司令處設官10人，另有先鋒官113人。漳州地方司令部設官40人。民國2年10月，臨時大總統任原福建護軍使黃培鬆為廈門要塞司令官，並裁去護軍使一職。12月，又任黃為福建漳泉總司令官，黃擁所部民軍千餘人，仍駐漳州。並設直隸陸軍部的清鄉辦公署。廈門駐軍為福建鎮撫使岑春煊率領的江蘇部隊，歸黃培鬆節製。新任福建護軍使李厚基不容黃的存在，不久即逼黃退出，部隊被接收。
民國初巡防隊的編製、布防仍沿襲前清舊例。巡防隊各路司令隸屬都督指揮，與地方司令官共同負責內衛。民國元年巡防隊有17營(每營3哨，300人左右)，共有官255人，兵5151人。分前後中左右五路：前路三營，司令陳金魁兼福州地方司令處總執法，2年3月補陸軍少將；後路二營，司令範慶升駐漳州；中路五營，司令曹春發駐泉州；左路五營，司令徐鏡清兼建寧鎮總兵，該部2000餘人，駐閩江上遊，為兵力最強的一路，徐在2年3月補陸軍少將；右路二營，司令劉蔚駐汀州，2年3月補陸軍少將。各營設官不一，大多有管帶官、軍需長、書記長、醫生。各哨有哨長、哨官、司書生。此外，還有福建鎮撫使的衛隊二營，駐廈門、漳州。各炮台官兵共1600人。以上(元年10月)共官兵6907人。
義勇隊、水師與綠營隊
閩軍義勇隊原有6營，民國初擴至28營，有官224人，兵3558人。每營分二哨，計百餘人，有管帶官、書記長各1，哨長2，司書生3。駐省城2營，餘分布全省。元年10月報遣散後尚有9營，實仍保留第1至第26營的番號。
福安水師、內河水師(隸屬延建地方司令官)各三營。
綠營隊為前清曆年裁並留存者，官360人，兵5654人。元年3月以上共有官兵7695人。至民國3年除內河水師保留，餘均裁撤。
閩廈要塞司令部
閩廈要塞總司令官轄電光山主台、長門禮台、劃鰍炮台、煙台山炮台、北岸炮台、廈門胡裏山炮台。各台設管帶(少校)。另有水雷營，共有官兵1600人。北洋軍建製變化頻繁，但要塞炮台基本不變。
陸軍小學校及其它
閩陸軍小學校(又稱陸軍步校)民國初辦兩期，除軍官照章輪流入學，另招自費生，一年或一年半畢業，兩期約百餘人；後複設講武堂，由各營選送學員，7個月畢業，約90人。學校官員設監督、提調、書記官、軍械官、軍需官各1，隊長2，區隊長5；助教1，教員11(分國文、曆史、地理、數學、理化、英文、東(日)文兼軍歌)；內外科醫生、稽查員、司務長，會計員、軍械司事、庫儲司事各1，司書生3，共設教職員34人。
福建陸軍測量局及軍械各局廠等，每局設文職二三人。
福建護軍使署
民國3年至11年(1914～1922)李厚基統治福建，其頭銜時有變換，但始終由其獨攬全省軍政大權。李自直隸(今河北)入閩時帶一個旅，不久，即擁有三個混成旅(陸軍第十、十一、十四旅)與一個步兵旅(福建陸軍第一旅)。混成旅屬北洋中央政府編製，餉銀由中央撥給；步兵旅屬地方編製，餉銀由省撥給。正規軍外，還設省警備隊和鹽務緝私營。至民國10年9月擴充至1個師3個混成旅與9個混成團。即福建陸軍第二師、福建陸軍第一混成旅、陸軍第十混成旅、陸軍第十一混成旅、福建陸軍第一至第七混成團、福建省警備隊第一、第二混成團。李擴充實力的辦法有二：一是以補充缺額為名，從原駐防地直隸河間、馬廠與江蘇徐州兩地募兵，入閩不久即擴所部兩團為兩旅；二是靠地方財政拉擾收編他部。後者番號時常變換，編製極不統一，各軍就地給養，財政紊亂爭端迭起。中央也曾設法限製李的權力，但不見效(早在民國7年10月北洋中央政府決定《結束閩省軍事辦法》兩條：一為縮減兵額，限定當年十月底止，海軍陸戰隊(原有十團)獨立第四師(原有六團)獨立第十四師(原有六團)各縮減至四團止，省防軍第一、第二旅(每旅二團)、教導團各以一團為限。二是調換防地：陸戰隊第一旅閩江上遊一帶；陸戰隊第二旅福寧府屬(今寧德地區)；獨立第十四師興化(今莆田地區)，泉州各屬安溪除外；獨立第四師漳州屬，安溪、永春、德化、大田；省防軍第一旅汀州；省防軍第二旅龍岩；省防軍教導團省城。但因戰事發生，此法無效。摘自南京第二曆史檔案館全宗一○九九，卷2)。
民國7年，閩粵戰事起。4月，北京政府委李厚基與浙軍師長董葆暄為援粵軍正副總司令，李在廈門設立援粵軍總司令部。李於9月兵敗後，10月北京派援閩陸軍第二十四混成旅王永泉部入閩。8年4月粵軍陳炯明與李談判達成協議，兩軍劃地而守。9年8月孫中山先生令陳炯明率部回粵對付桂軍，李接收了粵軍所占的地盤。李為了鞏固自己的統治，又一次擴軍，將閩粵戰事中擴編的四個支隊(由張清汝、辛桂芳、周永桂、史廷颶任支隊司令)改編為四個旅(中一旅後又升為第三師)。另建福建陸軍第一、二獨立旅，以周永桂、張毅為旅長。李為了防患王永泉與臧致平，將各部隊分散駐紮，穿插布防，派王獻臣的第三師駐防汀州府屬各縣，唐國謨的第十混成旅的一個團駐延平府屬各縣，以鉗製王永泉；派第一師第二旅(旅長張清汝)駐泉州，張毅的第二獨立旅駐漳州，第十混成旅的另一個團駐廈門，以牽製臧致平。
民國9年(1920)直皖戰爭中皖係失敗，李見直係得勢，決心棄皖投直，受到皖係軍閥的唾棄。11年，在孫(中山)段(祺瑞)張(作霖)反直三角聯盟業已形成的形勢下，8月北伐軍代表胡漢民與王永泉達成共同進攻福州驅逐李厚基的協定。10月12日李兵敗，28日在日本領事保護下離開福州。11月3日在國民黨主持下，福州公推王永泉任福建總司令。
福建護軍使署成立於民國3年9月18日，這時李的頭銜全稱是陸軍中將福建護軍使督理福建軍務。護軍使署設在前清將軍衙門(今省立醫院址)，下設參謀、秘書、副官三處，軍務、軍需、軍法三課，共有職官89人，另有兵弁48人。袁世凱稱帝，封李為一等子爵，民國5年(1916)3月21日，特任李為建武將軍督理福建軍務上將銜陸軍中將。護軍使署遂改為建武將軍行署，仍設三處三課，共有職官52人，另有差弁與夫役76人。袁世凱垮台後，7月6日段祺瑞政府改各省將軍為督軍，李遂授任福建督軍，實授陸軍上將。建武將軍行署改督軍公署，編製和人事安排基本不變。
陸軍第十混成旅和福建陸軍第一旅
民國2年10月，李厚基率第四師第七旅(轄步兵第五、第十四團)3385人取海道自馬尾入閩。第五團，團長唐國謨，官兵1610人，民國3年駐廈門、泉州一帶，同年4月唐兼廈門要塞司令官。第十四團，團長姚建屏，加該旅炮連、機關槍連共1775人。李任鎮守使後，旅長一職由姚兼理，翌年3月姚加給陸軍少將銜。第五團後改為陸軍第十旅，再擴為第十混成旅，旅長唐國謨。6年9月唐為廈門鎮守使兼第十混成旅旅長。廈門鎮守使署人員由該旅本部職員兼充，計73人。
第十四團駐防福州和閩北部分地區，後加上李厚基招募的3000北籍壯丁擴為福建陸軍第一旅，旅長姚建屏(先為賈文祥)。6年8月護法戰爭前夕，姚旅擴編為福建陸軍第一師，姚為師長，駐閩北各地。8年李疑姚與王永泉勾結，將第一師司令部撤銷，姚調福州任省防司令。
陸軍第十一混成旅
福建陸軍第十四師遣散後留下的閩籍官兵，於民國2年12月編為陸軍第二十七混成旅，駐防閩東各縣，其中數營尚屬湘籍精壯。臨時大總統任王麒為旅長，歸李鎮守使節製調遣。該旅轄步兵二團(每團三營，每營四連)、炮兵營(欠一連)、機關槍連、馬隊。民國5年改番號為陸軍第十一混成旅，旅長王麒。民國4年該旅官佐實有299人。
陸軍第十四混成旅
民國5年9月由海軍總長劉冠雄、旅長臧致平率北洋陸軍第十師第十九旅轄步兵三十七、三十八團、炮團三營暨炮兵營，共3659人，乘船入閩南，改番號為第十四混成旅，駐防漳州與閩西部分地區，歸李厚基統轄，旅部先駐詔安後移漳州。6年9月，臧為汀漳鎮守使兼第十四混成旅旅長，鎮守使署人員以該旅本部職員兼充，計77人。民國7年12月後，臧兼廈門鎮守使。該旅餉銀、服裝、皮鞋均由北京陸軍部供給。8年1至8月曾七封急電催餉(由於北洋中央政府長期供給很不及時，官兵生活苦不堪言，非嫡係的臧旅尤甚。民國8年8月30日臧電稱“……加以時疫發生，士兵病者十之六七，故者每日不下二十餘名，恁何應付？現在商行息欠達十四萬餘元，已被拒絕不能再借；又中西藥料累欠至一萬四千餘元，又衣棺款約一千餘元，久未清償，無法再賒；他如柴菜雜支零星外欠約一萬餘元，紛紛索討，日日搪塞。而近日尤有不堪者：病者乏藥治療，故者赤身埋葬，官長典當生活，士兵形同乞丐，慘目傷心，不忍殫述。……”以上摘自南京第二曆史檔案館全宗一0一一，卷811。)，此時臧旅已擴至7500人。9年改編為福建陸軍第二師，臧為師長。10年10月該師轄步兵第三、四旅，炮兵第二團，每旅步兵二團，除第七團缺第二營外，每團均三個營。臧非李厚基的直接部屬，所部有較強的戰鬥力，且據有漳廈富庶之地，李疑他與王永泉勾結，11年6月，李突到漳州，解除臧的師長職務，改由自己兼任，令臧專任汀漳鎮守使。臧憤然離漳赴滬。
福建督理公署
民國12年(1923)3月，北洋直係軍閥吳佩孚派長江上遊警備總司令兼第二師師長孫傳芳為援閩軍總司令，駐贛的第十二師師長周蔭人為副總司令，率部隊由鄂、贛從杉關進入閩境。4月孫傳芳就任福建軍務督理(全稱為“督理福建軍務善後事宜”)，王永泉任軍務幫辦兼興(化)泉(州)永(春)護軍使(護軍使公署不另設)，周蔭人為閩北護軍使(公署設延平)。孫認為王的實力不可低估，因此極力收編福建各路雜牌軍及各地民軍引為己助。翌年3月孫傳芳以權詐的手段驅走皖係的王永泉，王的部隊，除傅席珍的第二十四旅及楊化昭的第四旅的殘部隨臧致平、楊化昭退到浙江外，不是投降，就是被殲。後孫任周為軍務幫辦，周拒而不受，為了避免正麵衝突，孫遂讓出軍務督理職。5月，北京政府免去孫的督理職，任周為福建軍務督理。6月，任孫為閩粵邊防督辦(見《福建文史資料》第九輯第24頁《孫傳芳督閩紀實》一文)。9月，任孫為浙江軍務督理兼閩浙巡閱使。隔年孫發動討奉戰爭，勝利後自封為浙閩皖贛蘇五省聯軍總司令。
周接任後，首先改組督理公署人員，大肆擴軍，以鞏固政權，最多時總兵力達到近六萬人。接著向不聽號令的民軍興師問罪。13年12月，圍殲了駐紮泉州南安的福建第二師高義部。隔年又進剿盧興邦部。15年農曆正月初一，對陳國輝部發起進攻。9月，國民革命軍進攻江西，五省聯軍總司令孫傳芳派周為第四方麵軍總司令，受命進攻潮汕地區。周親率方麵軍總部抵永定縣城，指揮所部三萬餘人攻粵。10月8日，周的總部遭國民革命軍主力的突襲，周逃回延平後，還思挽回頹勢，遂重設第四方麵軍總司令部，無奈各部已成驚弓之鳥，不聽命令。12月，國民革命軍東路軍占領福州後，周見大勢已去，遂率部經政和入浙，在溫州將由閩到達的部隊，合編兩旅，尚有二萬餘人。
福建督理公署，在孫傳芳督閩時，沿用原有的機構與人員，沒有大的變動。周蔭人接任督理後，即改組督理公署，設三課(軍需、軍務、軍法)一處(陸軍審判處)，重新任命了參謀長、秘書長與各課、處長。
陸軍第二師與陸軍第十、第二十四混成旅
12年6月，以孫傳芳為師長的陸軍第二師入閩時實有官兵4713人，後從直隸(今河北)河間與豫東兩地募兵約萬餘人，除補充二師外，還新編兩個旅又二個團。同年7月報經北京批準，以第二師之備補兵為基礎，重新組建陸軍第十混成旅(原第十混成旅已瓦解)，孟昭月(原為第二師第三旅旅長)任旅長兼第一團團長，該旅轄二團，每團三營，約3500人。又重新組建陸軍第二十四混成旅，約3500人，張俊峰(原為第二師第四旅旅長)為旅長。兩旅裝備精良、素質較佳，是嫡係中的精銳部隊。
督署內衛部隊
12年7月孫傳芳組建督署衛隊第一團、第二團，各約2000人，由第二師參謀長孫基昌和督署副官長張世銘分別兼任團長。
周蔭人接任督理時，續建第三團，每團均轄三個步兵營，一機槍連，一迫擊炮排，官兵約一千七八百人，由第十二師參謀長王炎、梁春圃、督理公署副官長王雲嶽分任團長。此外，還有督署手槍營，約四五百人，督署直轄機關槍連，機槍八挺，約一百二三十人。
福建陸軍第一、二、三師和第一、六、七、八旅
孫傳芳在入閩之初，即委民軍郭錦堂為福建陸軍第一旅旅長，所部仍駐沙縣、歸化(今明溪)、永安三縣。孫入駐省城後，即放手收編各路雜牌軍及各地民軍，至13年6月編成如下：委李厚基舊部張毅為廈門鎮守使兼福建陸軍第一師師長，駐漳屬八縣；委民軍高義為福建陸軍第二師師長，駐泉州、南安一帶；委李厚基舊部王獻臣為福建陸軍第三師師長，駐汀屬八縣；委永春民軍吳威為福建陸軍第六旅旅長，德化、大田民軍林懷瑜為第七旅旅長(該部實力不足千人，旋並於吳威旅)；委安溪民軍陳國輝為福建陸軍第八旅旅長。另委莆仙民軍林壽國為福建陸軍第一獨立團團長，令其部開駐福州訓練。
中央陸軍第十二師與周蔭人新編部隊
周蔭人自兼師長的中央陸軍第十二師，入閩時僅六七千人。還在孫傳芳督閩時，周即著力擴充該部，12年底擴至9191人。周接任督理後，另新編三旅：中央陸軍第二十九混成旅，約3000餘人，旅長孔昭同(原第十二師步兵第二十四旅旅長)，駐防泉州、南安一帶；中央陸軍第三十混成旅，約3000餘人，旅長蘇埏(原第十二師團長)駐防延平一帶；福建陸軍補充第一旅，約3000餘人，旅長蔣啟鳳(原第十二師第四十七團團長)，駐防福州、惠安一帶。
周蔭人改編的部隊
除保留孫傳芳督閩時已收編的福建陸軍第一、二、三師(此時師長分別為張毅、高義、李鳳翔)，福建陸軍第一、二、三、四、六、七、八旅(旅長分別為郭鳳鳴、董勝標、尤賜福、陳國華、吳威、葉定國、陳國輝)外，周蔭人還另收編了一旅兩團。福建陸軍第五旅，約3000餘人(原係王永泉部之工兵教導團)，旅長吳大洪，駐防涵江一帶；福建陸軍第一獨立團，約千餘人，團長陳榮標，駐防尤溪口、樟湖阪一帶；福建陸軍第二獨立團，約千餘人，團長周兆瑞。此外，原閩北警備隊改稱閩北陸軍警備隊，約二營人，統領何麓昆，仍駐防建甌。
海軍
武昌起義，長江下遊紛紛響應，閩係海軍的軍官也多傾向革命。上海光複，鎮江獨立，停泊此兩地的20餘艘艦艇，都舉義旗歸順革命。南北議和成功，閩人劉冠雄任海軍總長，集權於中央，海軍部各司長，主要艦艇長、船政局長、海軍軍官學校校長皆閩人。為培植力量，連馬尾各校也不對外公開招生，入學子弟須經保送甄別，即使是福州人，也要與海軍內部有淵源的，才有被錄取希望。在軍閥混戰時代，原第一艦隊的海容、海籌二艦及第二艦隊的大部艦艇與練習艦隊組成的閩係海軍，則始終依附北洋政府，作為正統。駐閩艦艇視情況需要數量不定。最多時達13艘，少時則4至6艘。駐泊時間較長的有：“應瑞”、“海容”、“海籌”、“楚泰”、“楚觀”、“楚同”、“撫寧”、“江寧”、“海寧”、“綏寧”、“江貞”、“江元”、“永健”、“永績”等。
海軍閩廈警備司令部
民國9年(1920)6月經北京政府國務會議議定設閩口海軍軍港，並將長門炮台由陸軍撥歸海軍主管。11月10日，李厚基在軍閥混戰中潰敗逃至馬尾被扣留，海軍乘機在福州大橋頭截繳李退卻部隊的槍械。海軍總長李鼎新恐事態擴大，除派調查組外，急令練習艦隊司令楊敬修在馬尾設海軍閩江警備司令部，統一指揮馬尾的艦隊和陸戰隊。同時派第一艦隊司令周兆瑞率“海容”等艦駛馬尾增援，以楊敬修兼閩江警備司令，周兆瑞兼閩口要港司令。在楊的統一指揮下，占領長門要塞，守住馬尾、長門地盤，扼住福州的咽喉。翌年，海軍為擴張勢力，割據地方，兩次進攻廈門失利，遂改用政治手腕，與廈守軍達成協議。13年4月，臧致平退出廈門，通知在福州的海軍前來接防，至此海軍占有閩東、閩南大部地區，遂於14年6月，改海軍閩江警備司令部為海軍閩廈警備司令部，練習艦隊司令楊樹莊自兼閩廈警備司令。
閩廈警備司令部在其努力範圍內，委派縣長，接收地方財政，自收自支，儼然成為獨立王國。為統一收支，特在馬尾成立海軍支應局，並在廈門、三都設立分局。各局向地方征收捐稅，解送警備司令部，做為統籌餉糈的支應。各局向各縣辦事處派出人員，名為征稅，實則承包稅收，這種變換手法敲詐勒索，嚴重地殘害平民百姓。
陸戰隊第一混成旅
民國3年(1914)12月，裁撤海軍衛隊編為海軍陸戰隊步兵兩個營，直屬海軍部，分別駐防北京、上海、馬尾，擔負警衛任務，此為陸戰隊之始。民國11年10月，海軍部委第二艦隊司令部副官楊砥中為陸戰隊統帶，率原駐北京、上海護廠的陸戰隊3個連進駐馬尾，並馬尾護廠之兩個連，又招募新兵，加編步兵1個營及炮兵、工兵、機槍、迫擊炮各1個連，分別駐馬尾、長門一帶。翌年6年，在此基礎上擴編為陸戰隊第一混成旅，楊砥中為旅長，轄2團1炮營，駐防福清、長樂、連江、平潭等縣。
13年混成旅改為3團製，加編特別步兵團，轄機槍、迫擊炮、手槍營。炮兵營也改為3連製(1連野炮、2連山炮)。是年3月，又將福州陸軍第一獨立團改編為第一混成旅步兵獨立團，分駐莆田、仙遊。
陸戰隊在其占據的地盤內，借口籌餉，巧取豪奪，民不聊生。13年初，於長樂擅行丈田，按畝勒費，農民紛紛呈控於海軍部。在駐地範圍內栽種罌粟，公開販賣，並誘迫百姓種植以勒索鴉片煙稅。陸戰隊全年煙苗收入可達200萬元以上。各種苛捐雜稅達20餘種，甚至對城鄉迎神賽會演戲，都一律課稅勒索。
福州海軍學校
福州海軍學校前身為馬尾船政學堂。民國2年10月，船政學堂從福州船政局分出，設三個獨立學校：前學堂改為福州製造學校，後學堂改為福州海軍學校，藝圃改為福州海軍藝術學校。7年4月又改福州海軍藝術學校為福州海軍飛潛學校。15年5月，製造、飛潛兩學校並入福州海軍學校。
北京政府閩人擔任海軍要職名錄
南北議和前，閩人任北京政府海軍總長的有：
劉冠雄(1912．4～1919．11)
薩鎮冰(1919．12．3～1921．5．14中有間斷)
任海軍總司令的有：
饒懷文(1917．7～1918．3)
蘭建樞(1918．3～1921．8)
任第一艦隊司令的有：
林頌莊(1917．7～1919．7)
蔣拯(1919．8～1922．1)
第二艦隊司令：
饒懷文(1915．7～1917．7)
杜錫珪(1917．7～1922．6)
練習艦隊司令：
蔣拯(1917．8～1919．7；1919．8～1921．8兼)
北伐戰爭前，閩人任北京政府海軍各主要職務：
海軍總長：
李鼎新(1921．5～1924．9)
杜錫珪(1924．9～1924．10)
林建章(1924．11～1925．12)
杜錫珪(1925．12～1929．3，其中1926．6～1926．9兼代國務院總理)
海軍總司令：
蔣拯(1922．1～1922．6)
杜錫珪(1922．6～1925．2)
楊樹莊(1925．2～1929．4)
第一艦隊司令：
林建章(1922．1～1922．6)
周兆瑞(1922．6～1925．2)
陳季良(1925．2～1945)
第二艦隊司令：
甘聯璈(1922．6～1923．4)
林景曦(1923．5～1925．2)
許建廷(1925．2～1926．1)
陳紹寬(1926．1～1929)
練習艦隊司令：
楊敬修(1921．9～1923．1)
楊樹莊(1923．1～1925．2)
李景曦(1925．2～1927)
福建民軍
民國7年(1918)粵軍許崇智部進至長汀，各地民軍自起而響應。翌年分別編為護法軍與靖國軍。福建護法軍總司令宋淵源，司令部設於永春縣；福建靖國軍總司令方聲濤(是年春廣州政府委林葆澤為福建督軍，方為軍務幫辦)。方以幫辦名義收編安溪一股民軍為第三旅，旅長楊持平，第四旅旅長張貞。後護法、靖國兩軍衝突，護法兵敗，宋走投許崇智。靖國軍擁有晉江、南安、仙遊、德化、安溪、同安的地盤，不久，被李厚基聯合陳炯明部所擊敗，遂放棄永春、德化、安溪等地，退守南安詩山及晉江九都等地。9年2、3月間、張貞部吞並了楊子明部(方聲濤帶入閩的滇軍楊子明團，先駐仙遊，此時退駐安海、同安之間，張貞見方回廣州，楊部人少力薄，乘其不備，將其繳械)，並全部上山為匪。
民國9年福建各地民軍在上海議定，以“閩人治閩”為號召，統一組織福建自治軍，以黃展雲為自治軍總指揮，後秦望山上同安鳳巢山(玉巢山)收編民軍，並以王榮光部為第一路(活動於永春、德化)，盧興邦部為第二路(活動於閩北)，吳威部為第三路(活動於莆仙兩地)、秦望山為第五路(活動於晉江南安等地)。陳國輝、王振南兩部均附於秦望山。黃廷經部取得聯係，秦委其為自治軍漳屬指揮區。胡柴坊、葉學魁在歸化縣組織自治軍。11年元旦，自治軍分六路進攻南安、仙遊等地的北洋軍，兵敗後調整番號，以楊漢烈部為第一路，許卓然部為第二路；陳國輝、王振南、秦望山各部為第一、二、三支隊。是年冬，許崇智師回粵時，將各路自治軍改編為東路討賊軍第八軍。12年初，孫中山任命方聲濤為福建民軍總司令。不久，許崇智又委方的舊部張貞為東路討賊軍獨立團團長，駐詔安，張部在此修整補充，逐漸形成閩軍一支部隊。此外，東路討賊軍，留在閩南的尚有福建各軍總指揮兼閩南善後總辦何成睿；討賊軍第五旅旅長孫本戎，駐泉州莆田；討賊軍浙軍旅旅長陳肇英，駐雲霄平和。方聲濤委任的民軍有：第一路司令盧興邦，駐尤溪、大田；第二路司令高義，駐泉州；第三路司令楊漢烈，駐安溪；第四路司令吳威，駐仙遊；第五路司令葉定國，駐同安；第六路司令陳國輝，駐德化。
福建民軍是雜湊而成的一夥，各有背景，各有打算，為政治需要或自身利害關係，時而聯合，時而火拚。他們在駐地截留稅收，擅加捐款，橫征暴斂與北洋軍如出一轍。陳國輝部還常用擄人勒贖的手段，綁架華僑或僑眷，索取巨款，積案甚多。尤其在民國19年後，方聲濤為解決財政拮據，竟然暗中通知張貞、陳國輝和其他支持他的原民軍部隊，在駐區漳州、泉州和興化一帶，種起罌粟，使過去暗地幹的勾當公開化、合法化，給福建人民帶來深重的災難(摘自南京第二曆史檔案館全宗一○一一，卷793，福建都督府孫道仁1912年2月20日電報)。
陸軍第二十四混成旅
前身為奉軍補充步兵第一旅，民國7年9月改編為援閩陸軍第一混成旅，11月5日分水陸兩路入閩。翌年1月改編為陸軍第二十四混成旅歸陸軍部轄。旅長王永泉。轄步兵團二(每團三營，每營四連)，機關槍連，炮兵連，工兵連各一(省圖書館特藏部《福建三十年來省政暨民軍嬗變紀略》稱：王永泉部有步炮工輜機騎電教共26營，16000餘人。所部運抵黃浦灘頭，忽變計不由海道入閩，開入浙江江山，轉由浦城、崇安入駐閩北，指定延平府為該軍駐地)。
閩口要塞司令部
民國3年4月閩廈要塞改稱閩口要塞，許濟川任閩口要塞司令官，要塞所轄的炮台除不含廈門(歸廈門要塞司令官管轄)外，無甚變化。