以神農為本草之宗的神話已經流傳了幾千年，近年來隨著考古發掘的深入，發現一些早期古代文獻的記載並非僅僅是旨在尊聖尚古，而是以曆史真實性為依據的。神農和藥的關係最早見於《淮南子.修務訓》：“神農乃始教民，嚐百草之滋味，當時一日而遇七十毒，由此醫方興焉”。說嚐百草，有了藥而醫學勃興。後又見於《史記補。三皇本紀》：“神農氏以赭鞭鞭草木，始嚐百草，始有醫藥”，既尊神農為三皇之一，又是醫藥的創始人。《世本》也說：“神農和藥濟人”。可見神農不隻是嚐百草認藥，還有遣藥之能。宋代劉恕又把以上諸論綜合起來，他在《通外紀》中說：“民有疾病，未知藥石，炎帝始味草木之滋，嚐一日而遇七十毒，神而化之，遂作方書，以療民疾，而醫道立矣”。近年考古尚沒有發現方書，但確認了嚐百草的曆史年代和活動區域，說明古人以神農嚐百草之說溯本崇源言大道的立意正確不謬。
現代考古認定，距今五千至一萬年前，是我國新石器時代的早、中期，即傳說中的神農時代，距今五六千年是新石器時代晚期向青銅時代過渡的時期，即傳說中的黃帝時代。神農、黃帝既是氏族領袖，又是氏族和部落的稱號，分別代表著兩個時代。神農氏族，薑姓，又稱炎帝，《大戴禮記.五帝德篇》又稱赤帝，原是西戎族的一支，以牛為圖騰。最早居住在大西北的新疆維吾爾自治區和甘肅、青海、陝西等省，炎帝族先於黃帝族自西北進入華北、中原等地區，後來又逐漸向南方轉移至湖湘。炎帝族在進入中部地區時，與最早進入中部地區的南方“蠻族”的九個部落聯盟的九黎族發生衝突：蚩尤是九黎族的首領，兄弟八十一人，即八十一個氏族的酋長，炎帝族被迫逃避到涿鹿，後來炎帝族與姬姓、號軒轅氏又號有熊氏的黃帝族聯合，在涿鹿大械鬥，攻殺蚩尤。繼後炎黃兩族在阪泉發生了三次大衝突，黃帝族統帥以熊羆、貔貅、虎的各族打敗了炎帝族，之後炎帝族逐漸在中部定居下來，延續了炎帝的文化。
神農氏族時代，以農業為主，畜牧業也是重要的部門，並有製陶、紡織等手工業，已經用弓箭，有貨物交換。在陝西半坡遺址出土有石斧和骨鋤，有一陶罐粟在居室內發現，另一陶缽粟是作為殉葬物放在墓葬裏。在湘南，八千年前左右的澧縣八十?遺址，發現稻穀和大米兩萬多粒，是全世界史前稻穀物發現最多的地方；還有木耒，木鏟和骨鏟等農具，以及木杵等加工工具，與《周易?係辭》“神及氏作，木為，揉木為耒，耒耨之利，以教天下”的記載完全相合。成書於戰國中期的《屍子》說“神農氏七十世有天下”，《續三皇本紀》記載炎帝稱帝“五百三十年”。近年史家據澧縣八十?遺址發掘出的一些台基式建築，認為該處曾是6500年前神農氏族的中心所在。第一代神農當是從這裏出發南巡為民治病，因誤嚐斷腸草而崩葬於長沙茶鄉之尾，這也與神農氏嚐百草而遇毒的傳說相合。神農氏族因締造農耕文明而被擁載為中心氏族，其子孫從此繁衍於四方。最後一代炎帝榆罔部落，因敗於阪泉之戰，葉落歸根於先祖的寢陵附近。
據以上考古資料，足以說明中藥起源於先民的農業文明時代，嚐百草遇毒，果然實有其事，故《墨子.貴義》說：“譬若藥然草之本”，後世以此稱中藥學著作為“本草”。漢代把藥學名著冠名《神農本草經》，既是“言大道”(《尚書.孔安國序》)，又是對先人發現藥物的尊崇。