經過三天的忙亂，中京城內的叛軍勢力基本被肅清。因傳送陣被關閉，那些曾依附過安炳超的大臣逃無可逃，好些都或服毒、或上吊、或投河，自己先把自己給了斷了。
鳳九淵並沒有放過他們的意思，詔命：所有附逆大臣一律按謀逆之罪論處，誰若求情，一並處之。
奪回了國家檔案中心之後，對信鴿係統進行了緊急修複。經過兩個月的癱瘓之後，覆蓋鳳凰界絕大多數地方的通信網絡終於恢複了正常運轉。
隨後，鳳九淵就向所有正在趕往中京道的軍隊下令了詔命，要他們停止前進，原地駐紮，並將所在方位報告上來，以便於統一指揮。得知古尼統帥的江南督衛府三萬餘兵馬已經到了河陽道，暫時還沒有與叛軍接上火後，就命令他立即率軍趕來中京接防。
王府的八大侍衛都已經外放統兵了。王長青和陸文被刺身死，鳳九淵原本最看好他們二人，卻沒料到落得這般下場。索哈牙遠在燭光防線作戰，暫時是靠不上的，眼下也隻有指望古尼、江大郎等人了。
收複中京後，除了逮捕逆賊之外，著手恢複朝政就是最重要的事情，好在內閣是處驚不亂，路德文才具雖然不如武定中，但在阿布都、史箴（再次入閣拜相了，繼續分管軍務）等人的輔佐之下，也足以撐起大局了。而在大都督府上，鳳九淵下旨召索哈牙回京就任！
朝政上的事情不勞他多費心，軍務上也有江懷恩和匡時衡暫時頂著，他要做的就是統領全局，爭取盡早拿住安炳超。兩個月的耽擱，各種事務堆積如山，首要的中了靖亂之外，就是將拖延的物資和裝備趕緊發往燭光防線。別的事拖得，這事無論如何也不能再拖，要不然燭光防線就要出問題了！
都說安炳超和他的叛軍主力在河陽道，至於具體位置目前還沒有確定。鳳九淵就派出了鳳凰號對河陽和附近的幾個道進行了最嚴密的監視，務必要在盡快找到安炳超的下落，以爭取早日蕩平禍亂。
幾天忙下來，該殺的全都關到了北校場去，該貶的也都逐出了中京，朝廷也是為之一空。這樣一來，朝廷的運轉近乎陷入癱瘓，為了不使危機過渡擴大，內閣決定在谘議局、翰林院中選拔優秀的官吏提拔上來，暫時擔任要職。中級職位則從低級官吏上提拔，從而實現他們幾乎絕望的升遷之望。而低級職位則從吏目裏選用，要選用那種才德兼備，任職經驗豐富的，不能因為他們是吏目出身就予以歧視。
為此，鳳九淵還專門頒下詔書，曉諭朝廷百官、天下士子和百姓，說朝廷將會繼續深入人事體係的改革，以後將不拘一改地選用德才兼備之士，即便是小吏出身，也有入閣拜相的可能。與之同時，他還大封了一批功臣。諸如武定中晉爵一等公、路德文晉一等伯、阿布都晉三等伯、江懷恩晉三等侯、許庸晉二等伯、劉挺晉二等侯、匡時衡為二等伯……追贈聞越為一等侯、追贈陸文為三等侯、追贈王長青為三等侯等等。將反對他的、不服從他的或殺或貶，通通驅逐出了朝廷，剩下的就是忠於他的、服從他的和牆頭草派係的，終於打造出了一個可以完全按照他旨意行事的朝廷了。
當然，這付出的代價未免太大了些，大到他都有些承受不起的地步了！畢竟經此一亂，朝廷怕是十年也難得恢複過來元氣。若是能夠不亂而解決所有的問題，鳳九淵倒是寧願不要這個能夠不折不扣地執行他旨意的朝廷。
盡管他感覺到在今後相當長的時間內，朝廷的運作要承受極其巨大的壓力，但他還是在大朝會上說：必須以最嚴厲的手段打擊叛黨，絕不能夠再有半分的手軟。要一查到底，不管牽扯到誰，一定要依律懲處。
大朝會結束當日，他便下旨將關押在北校場的幾名首逆與其家人、親屬押赴刑場斬決，不到一個時辰，就有六百三十七顆腦袋落地。
經此禍亂，再沒有人站出來為逆賊求情了，不管是出於公心還是私心，隻要敢發聲，保證立馬馬就被打成了逆賊。短短兩個月的禍亂，中京死難超過三十萬人，傷殘更是不計其數。幾乎是家家有人送命，戶戶有人受傷，上至公卿將相，下至普通百姓，幾乎是將叛軍恨透了，鳳九淵的作法雖然狠厲了些，但卻是大快人心，中京上下是人人叫好。再笨的人，也都不敢在這時候跳出來觸黴頭，送死了。
古尼率軍回京之後，鳳九淵立即任命他為征虜大將軍，全麵負責征剿叛軍事宜。
相比起索哈牙，古尼不論是才具還是見識，都勝出不止一籌，唯一不及的便是忠誠和鳳九淵的信任。江南、山西兩道督衛府共計八萬人馬奉旨組建新的禁衛軍，廢除左右將軍分領製度，由原山西督衛府節製使江文遠（江大郎）擔任統領一職，負責京畿治安。雖說廢除了左右將軍分領製度，但並不等於重新回歸到此前的禦林軍體係，軍權的統一是為了更好的管理軍隊，畢竟經過實踐證明左右將軍分領軍權的製度不好，而且還有大問題。其他的製度都被保留了下來。
古尼掛帥之後，即日整個了共計二十三個督衛府的共計六十餘萬人馬，在鳳凰號的輔助之下，即日進駐河陽道。鳳九淵的旨意是：隻要能在兩個月之內徹底蕩平叛軍，擒殺安炳遠，不但他要什麽給什麽，勝利歸來之日，還賞他個一等侯爵頭銜。
索哈牙積功升至三等公爵了，而古尼雖說由江南督衛府節製使榮膺征虜大將軍，卻還隻是個一等男爵的頭銜，這還是因為他起江南之兵勤王掙來的，此前還隻是個三等的男爵呢。所以，對於他來說，一等侯爵的吸引是致命的，更何況鳳九淵說了，要什麽給什麽，除了在時間上限製得有些緊之外，其他的都不成問題。
上任之後，古尼立即與正趕回來就任大都督的兄長取得了聯係，向他詢問方略。
索哈牙告訴他，別看安炳超手下的叛軍隻有幾萬，而皇上給了幾十萬的大軍，他卻隻有一次攻擊的機會。如果不能一擊擊潰叛軍，擒殺安炳超，就不能在兩個月內完成皇上交付的作戰任務，到時怕是爵位撈不著，還得惹禍上身。
古尼倒吸了口冷氣，道：“……這，這麽嚴重？”
索哈牙道：“皇上是恨級了安炳超，也是恨極了叛軍。而戰事拖的時間越久，對反複的可能性就越大，對鳳凰界的危害也就越大，所以皇上才限期兩個月剿滅叛軍，擒殺安炳超。你素來縝密謹慎，一定要先探明安炳遠的下落，然後再派出最精銳的力量，一舉擊殺。給了你六十萬人，不是要讓他們全都派上戰場，你得利用這六十萬人將所有可疑的地點、所有可能的通道都給封死，不能再給安炳超有任何可趁之機。河陽道這麽大，你若是無的放矢，別說是六十萬人，就是六百萬人也不夠你使的！”
這個道理古尼還是知道的，默了片刻之後，他就道：“目前隻是猜測安炳遠在河陽道，至於到底是不是，還不得而知。照這樣看來，皇上限期兩個月，實在是緊迫了些！”
“兩個月不緊迫！”
“不緊迫？”
“皇上說的兩個月是在確定了叛軍和安炳超的具體位置之後算起，所以你現在趕緊組建起你的征虜大將軍行轅，盡一切可能地刺探消息。”
“好，明白了！”
在看得見的戰線上，一切都緊張有序地展開著，而在看不著的戰線上，一場場的廝殺同樣慘烈。
奪回中京當夜，九疑就率鳳衛與奧斯曼投資銀行在各處展開了決戰。一開始雙方打得相當慘烈，難分勝敗——這樣的情況在此前的曆史上極為少見，鳳衛的力量是眾所周知的，還從來沒有一條外來的強龍壓得他們完全失去了地頭蛇的優勢。在洪天讓的指揮下，鳳衛集中優勢力量，逐個擊破，漸漸占得了上風。就在九疑籌謀著將他們一網打盡的時候，奧斯曼投資銀行突然全線放棄抵抗，逃了。
這些人都有著不俗的實力，一旦開逃，鳳衛要抓住他們可就不那麽容易了。
九疑意識到這是鳳鳴兮的策略，當即發出血羽令，要整個鳳凰界的修行、武林兩道配合擒殺這些外來的入侵者。
這場大戰注定不為世人所知，但卻更加的慘烈。
為了掩護手下人等撤退，鳳鳴兮主動約戰九疑於棲霞山。結果引發一場空前的大地震，不但棲霞山崩裂陸沉，整個中京也因此遭了大災。
民間好些不知事的人都說大地震預示著還將有大災難，無不惶惶。鳳九淵也不知道大地震因何而來，也懶得向無知愚民解釋這是正常的自然現象，隻要能夠盡快平定叛軍，任由謠言飛傳一陣子也沒什麽，威力再大的謠言都經不起時間的磨蝕。