出兵不到兩個月，日軍便占領了勒拿河以東的全部蘇俄領土，所占領之領土麵積超過日本本土十倍有餘，盡管都是苦寒之地，但總麵積還在日本的南洋新殖民地--東印度群島之上，達到了預期的作戰目的。受限於後勤的壓力跟美國以及國內的反對之聲越來越大後便轉入守備階段。
日軍由第十二師駐守鄂霍次克，負責建設這座海港的同時接收海軍運來的物資；第三師駐守勒拿河下遊分支河流阿爾丹河沿岸小鎮恰格達跟阿爾丹，名義上是為了通過這裏密集的河道接收自西伯利亞鐵路運送北上的物資，實際上他們距離中國單方麵劃定的新中俄邊界隻有220公裏，隨時可以南下威脅中國邊界安全；第七師駐守楚克奇半島跟堪察加半島，警惕蘇俄海軍跟美國的威脅，並肩負著隨時封鎖白令海峽的重任。
因為天氣越來越冷，於西伯利亞地區的軍事行動越來越困難。加上自民國國內傳來不好消息，那位年輕大總統在拖延向日本移交庚子賠款大半年後，終於露出了其意圖，向國會剛剛通過了一道法案，就是為了永久終止向其他各國支付庚子賠款。這時，日軍認為出兵西伯利亞的戰事基本結束，所以向日本內地跟朝鮮等地區運回大部分山炮、重炮，但是預備役和後備役的召集依舊未停止，日本軍隊仍維持戰事編製。
寺內正毅的計劃破產了，盡管出兵占領數百萬平方公裏的西伯利亞沃野表麵上看來壯大了日本的實力。然而，短短三個多月的時間，日本便因此背負了超過七千萬日元的直接軍費支出。
因為日本在東西伯利亞扶植謝苗諾夫組織傀儡政權，企圖完全控製此地區的戰略，與英法美等扶持沙皇重新領導俄國的計劃產生了摩擦，英法兩國趁機停止了對日本出兵的一些物資跟軍火援助。
謝苗諾夫是俄國原外貝加爾省人，1911年，謝苗諾夫畢業於奧倫堡軍事學校。他參加了第一次世界大戰，成為一名軍官。因為對中國對外貝加爾地區占領的不滿，1917年7月，謝苗諾夫被臨時政府任命為臨時政府在貝加爾湖地區的代表，負責招募哥薩克，以籌備反攻占領了外貝加爾地區的中國。隻可惜沒多久之後，布爾什維克黨人組織的九月革命爆發了，俄國臨時政府被推翻了。
九月革命以後，謝苗諾夫發動反對蘇俄的叛亂，戰敗後化妝成難民逃往中國。因其上了調查局的黑名單，在其潛伏到蒙古時遭到軍警的追捕，靠著當地仍在抵抗中國對‘俄羅斯帝國領土’占領的斯拉夫民族沙文主義抵抗分子的資助，他經東北走西伯利亞大鐵路逃往朝鮮。
1918年2月，他得到了日本人的扶持，得以從東北逃往朝鮮避難的俄羅斯人中挑選兩千人組建成了義勇軍4個營，初時隻是日本人為對抗中國，並希望某一日反攻東北的工具。為此，得到日本人支持的謝苗諾夫在平壤成立了“外貝加爾地方臨時政府”。
同年5月，他得到日本人跟美國人的幫助，得以接管了海參崴城中的俄國原駐軍，勢力一下子保證到擁有兩萬多軍隊支持。在日本拯救了沙皇一家之後，謝苗諾夫在日本人的安排下前往東京見到了沙皇，作為日本跟俄國臨時政府以及沙皇尼古拉二世的交易一項，他被沙皇任命為‘東西伯利亞總督’，而俄國臨時政府也默許了他在東西伯利亞地區的地位。
日本出兵西伯利亞之後，依仗著七萬大軍的強大，很快攻城掠地占去了大片領土。考慮到俄國跟荷蘭不一樣，而且他們占領的東西伯利亞地區還是人家的領土，並非殖民地。日本為了加強對占領區的統治，甚至達到永久占領東西伯利亞的目的，於是召集謝苗諾夫一同北上，並將他那已經改名的“俄國西伯利亞臨時政府”，也遷到了西伯利亞地區。
因為日本占領軍在當地燒殺掠奪，肆意奸、淫婦女等等，引起了俄國兩百多萬東西伯利亞居民的不滿，民風彪悍的俄國人自發性的響應蘇俄的號召，偷襲跟抵抗日本人的入侵。
謝苗諾夫在日本人的支持下用無情的統治，鞏固了在東西伯利亞的地位。僅來到西伯利亞一個多月的時間，他就被仇恨他的同胞們描繪成“草原強盜，攔截商旅搶、劫財物，不論是誰的貨物”。由於謝苗諾夫堅決緊抱日本人的粗大腿，令日本政府跟軍方十分滿意，於是再次向臨時政府施壓，要求臨時政府批準他成立西伯利亞反抗軍，以抵擋蘇俄對西伯利亞地區的‘赤化’。
最初，臨時政府拒絕在承認沙皇任命他為東西伯利亞總督之後還要給予他組建軍隊的權力，但後來他們被迫接受這一事實，任命謝苗諾夫兼任西伯利亞軍區總司令。
然而盡管日本將其所占領的東西伯利亞廣闊的數百萬平方公裏的土地，明麵上是交給他來打理的。但是協約國各國都清楚，謝苗諾夫隻是日本人喂養的一隻狗，或者說是放出來吸引注意力罷了，真正主宰東西伯利亞的還是日本人。
因為日本人在東西伯利亞地區的肆意擴張，美國也同樣斷絕對日本進行武裝跟有限援助的計劃。日本出兵占領了堪察加半島跟楚克奇半島，明目張膽的妄圖控製白令海峽的舉動已經威脅到美國阿拉斯加州的安全。因此美國國內政策迅速轉向，威爾遜總統向日本政府嚴肅發出警告，日本不得在楚克奇半島駐兵，更不得讓海軍越過阿留申群島，出沒於白令海。同時，美國立刻下令終止向日本提供低價穀物，進一步的加重了日本國內的物價飛漲。
寺內正毅妄圖借出兵西伯利亞，即達到了重創蘇俄的目的，又通過對外擴張轉移國內矛盾，同時也安撫了軍中的北上派。
然而，出兵西伯利亞可以說是寺內正毅政治生涯中的一大敗筆，令他在國內的名聲迅速惡臭起來。
商人跟財閥痛恨他的承諾沒有實現，寒冬將襲來的西伯利亞即將變成一片冰天雪地，哪裏有什麽財富可言。而他們卻輕言相信了寺內正毅的話，為政府支付了大筆的軍費支出。知識分子跟平民同樣對他不滿，一方麵痛恨他在國內的獨、裁統治，並高壓壓迫媒體不得說真話，限製言論自由。同時，也是因為他的出兵西伯利亞的政府，給了無良商人們機會，導致國內的穀物價格持續暴漲，百姓民不聊生。
陸軍跟海軍對他的不滿也在增加中，海軍反對勞師動眾的北上，去爭奪那些寒冷、荒涼且無法開發的領土，並因此而支付了巨額的軍費支出。陸軍則更希望政府出兵東北，掠奪臨近中國的富饒領土，而非是西伯利亞那裏未開化的寒冷荒涼之地。東北七省這幾年在政府的規劃之下，已經初步建立了一些工礦企業，比之前幾年又更加富饒，基礎設施也逐漸開始建設起來，對於日本軍方擴張派的吸引力不可謂不大。
國內的政客們對他的不滿也在一點一點的增加之中，因為寺內正毅任期內，海陸軍都得到了爆發式的擴張，這導致那些政客們逐漸失去了對這個國家的控製權。
種種矛盾累計到了一起，在這種情況下，1918年日本大選緩緩走來，要求寺內正毅全體總辭職的聲音越來越大。
盡管寺內正毅還想垂死掙紮，然而，就在這個時候，兩件事情的爆發，導致寺內正毅徹底失去了對這個國家的領導權。
1918年10月27日，日本臨近國家中華民國國會通過總統遞交了《關於廢除庚子賠款相關書》，正式批準了政府向外界宣布，民國單方麵拒絕繼續向‘英法意日’四個仍在向民國索要庚子賠款的國家支付賠款。
庚子賠款中，庚子賠款日本獲得了銀元9154萬元，相當於106854177日元，占總賠款數的7.7%。日本人近些年來的教育跟軍事支出，庚子賠款赫然各自占去了37%跟15.5%的規模，這麽巨大的一筆資金，日本人是根本不可能容忍中國拒絕支付的，幾乎是中國這邊國會剛剛通過了法案，那邊就在日本國內掀起了陶然大波，中國駐日公使館、商社等多處遭到衝擊，大量中國人甚至朝鮮人遭到日本浪人的襲擊跟毆打。
日本人還將不滿投向了寺內正毅，今年年初中國單方麵要求推遲庚子賠款時，日本國內便曾經爆發過多次的抗議跟遊行示威。更有激進軍人要求政府對中宣戰，以教訓中國，令其盡快歸還賠款。隻可惜當時的寺內正毅考慮到中國日漸壯大的陸軍，令日本很難在陸地上獲得勝利，因此采取的措施是一方麵拉攏英法意等其餘三個仍在跟中國追要庚子賠款的國家索要賠款，另一方麵在不斷以清繳海盜等名義襲擊中國商船、漁船，迫害南洋華人等措施向民國政府施壓，以令其最終妥協。
隻可惜，民國政府也隨即采取了一係列的反製措施，並且將日本拉入了協商、談判的口水戰之中，最終到現在都沒有下文。
日本國內也在此時爆發了一件大事，導致寺內正毅徹底失去了對政局的控製能力。
因為無量奸商借政府出兵西伯利亞之舉，大肆囤積糧食等生活物資，導致日本國內物價飛漲，短短三個多月的時間，大米價格翻了一倍，煤炭等漲了八成還多。
越來越多的憤怒跟買不到大米的貧民們憤怒了，11月3日，富山縣爆發的米騷動波及到全國，群眾的憤怒噴發出來，形成遍及一道三府三十八縣的全國範圍的運動。