教義
藏傳佛教教義特征為：大小乘兼學，顯密雙修，見行並重，並吸收了苯教的某些特點。傳承各異、儀軌複雜、像設繁多，是藏傳佛教有別於漢地佛教的一個顯著特點。顯宗說一切有部、經部、唯識、中觀四宗中以中觀為最發達。龍樹一係的論典以“正理聚六論”為中心，經過宗喀巴的倡導，中觀應成派月稱所著的《入中論》最受推崇，成為中觀論著的代表作。《現觀莊嚴論》與《入中論》兩書漢文未譯，而龍樹的《大智度論》藏文未譯，因而成為藏傳與漢傳佛學之一重要區別。西藏密教一般分為事部、行部、瑜伽部、無上瑜伽部等四部，而各宗派多以無上瑜伽部的各種教授為主要修行法門。
傳承方式
藏傳佛教的傳承方式既有師徒傳承方式，如寧瑪派、噶舉派、噶當派；也有家族傳承方式，如薩迦派，基本上采用以昆氏家族為基礎的家族傳承方式。但最具特色的還是活佛轉世製度。“政教合一”是喇嘛教的另一大特點。曆史上，藏傳佛教的多數派別都和一定的政治勢力（包括地方實力集團或家族勢力）結合在一起，形成政教合一製度，教依政而行，政持教而立，彼此依存。這一製度在吐蕃赤祖德讚讚普時初見雛形，至薩迦派時正式確立，其後不斷完善，待格魯派掌西藏地方政教大權後而達鼎盛。1959年西藏民主改革時廢除。
學製
藏傳佛教傳習和修證的處所分為講道院和修道院兩種，也有綜合者。較大的寺院都有規定學製。各派各寺的規定不完全相同。如格魯派哲蚌寺郭莽劄倉規定：因明五年，般若四年，中觀兩年，俱舍四年，戒律一年，必須循序而進。戒律學完之後統稱噶仁巴（經學士），其出路有三：1、少數申請應試格西學位，2、自由講學或閉關修持，3、入密宗學院繼續深造。藏傳佛教的學位有多種名目，如噶希（四論士）、饒絳巴（博學士）等，原僅為尊稱，後學製逐漸嚴密，須經過考試才能取得諸如拉仁巴、多仁巴、林賽、曼仁巴（醫藥士）等各種稱號，統稱為格西。
寺院
藏傳佛教的寺院規模大小不一，小者隻有數人，大者多至七八千人。大寺院一般由經堂、神殿、做為辯經場所的林苑、印經院，若幹活佛拉章、僧舍、執事者的辦事處、倉庫、招待施主的客房、牲圈等等組成。寺院在舊西藏往往是一個地區的宗教、文化乃至經濟、政治中心。中華人民共和國成立後，重要的寺院依其重要的程度分別規定為國家級、省級、縣級的文物重點保護單位。文/革期間許多寺院受到嚴重的破壞，1979年以後由政府資助和信徒群眾自願集資逐漸恢複。
藏文《大藏經》
藏傳佛教的文獻極為豐富。藏文《大藏經》分《甘珠爾》和《丹珠爾》兩大部分，其中《甘珠爾》包括顯密經律，主要為佛教的原始經典，《丹珠爾》為論藏，係釋迦牟尼弟子對佛語的闡釋和論述的譯文集成。
六字真言、六字真經或六字大明咒，是藏傳佛教誦咒“嗡、嘛、呢、叭、咪、吽”六個字。據說是佛教秘密蓮花部之根本真言。對“六字真言”的詮釋頗多，但究其根本，不外乎以下幾種：
（1）據藏傳佛教經典記載，六字真言，“嗡”表示“佛部心”，謂念此字時，自己的身體要應於佛身，口要應於佛口，意要應於佛意，認為身、口、意與佛成一體，才能獲得成就；“嘛呢”，梵文意為“如意寶”，表示“寶部心”據說此寶出自龍王腦中，若得此寶珠，人海能無寶不聚，上山能無珍不得，故又名“聚寶”；“叭咪”梵文意為“蓮花”，表示“蓮花部心”，以此比喻法性如蓮花一樣純潔無瑕；“吽”，表示“金剛部心”，祈願成就的意思，意謂必須依賴佛的力量，才能得到“正覺”，成就一切，普度眾生，最後達到成佛的願望。藏傳佛教把這六個字看作是經典的根源，主張信徒循環往複持誦思維，念念不忘，認為這樣才能積功德，功德圓滿可以解脫；布達拉宮
（2）鬆讚幹布《嘛呢教言集》闡述了“六字真言”的多種修持方法和深刻含義。說“六字真言”中的六字代表度脫六道眾生，破除六種煩惱，修六般若行，獲得六種佛身，生出六種智慧等；
（3）藏傳佛教薩迦派大師索南堅讚《六字明功德頌》記載：“嗡”能消除天界生死苦，“嘛”能消除非天鬥爭苦，“呢”能消除人間生老病死苦，“叭”能消除畜生役使苦，“咪”能消除餓鬼饑渴苦，“吽”能消除冷熱地獄苦。諸佛密乘咒，諸法集精英，眾生現祥瑞，灌頂六字明，諸佛心灌頂，今當與汝授，諸佛皆集會，灌頂明王咒。“嗡”施到彼岸，無慳世至尊，諸佛集法身，乞加持灌頂！“嘛”忍到彼岸，無怒世至尊，大樂受用身，乞加持灌頂！“呢”戒到彼岸，無垢世至尊，三身成化身，乞加持灌頂！“叭”定到彼岸，無亂世至尊，所知一切身，乞加持灌頂！“咪”勤到彼岸，無懈世至尊，智慈普利語，乞加持灌頂！“吽”慧到彼岸，集事世至尊，威力總攝意，乞加持灌頂！法語六字金剛聲，諸佛如來皆加持，法藏精要至無上，乞求灌頂並加持；
（4）《藏語係佛教念誦集》雲：“嗡”具五智慧，“嘛”遍一切慈，“呢”引導六眾，“叭”息一切苦，“咪”梵眾苦厄，“吽”聚諸功德。六字被加持，雪域眾有’情，願往解脫道！諸佛悉加持，最精密要藏，福利來源處，成就的根本，往生善趣階，禁閉惡趣門”；
（5）西北民族學院多識教授雲：六字大明咒象征“具足佛身，佛智的觀世音關照”；
（6）雲南社會科學院趙櫓先生對“六字真言”有著自己獨特的研究，給人以耳目一新的感受。他研究認為：廣泛流傳於藏傳佛教的“六字真言”，係直接由密教而來。“六字真言”原是在印度的一句禱祝詞，被婆羅門教和印度教繼承下來，更為密教所吸取。作為密教的誦咒，輾轉流播，其古意漸漸為人淡忘。知其然而莫解其所以然了。“六字真言”的首尾兩字是虛詞，中間兩字是實詞。梵文原意讀為“嗡！嘛呢叭、咪，吽！”“嗡”、“吽”為虛詞，在印度古文化中具有“神聖”和“吉祥”意思。“嘛呢”漢譯“摩尼”，梵文原意為“寶珠”；“叭、咪”意為“紅蓮花”。由此，我們將“六宇真言”按梵文原意漢譯為“神聖嗬！紅蓮花上的寶珠，吉祥！”。他還認為藏傳佛教文化中，不僅引進了印度密教的“六字真言”，同時也引進了密教的“紅蓮花上的寶珠”圖案，其形象很生動，往往作為佛堂的壁畫裝飾。趙櫓先生還對“紅蓮花上的寶珠”圖案的造型，內容及象征意義作了獨特的研究。足見“六字真言”涵納藏傳佛教義理之精髓。
藏傳佛教徒常念六字真言，恰如內地佛教徒常念“南無阿彌陀佛”。在藏區“六字真言”成為藏傳佛教使用率最高的誦咒，幾乎到了無人不知，無人不念的地步。不少人在六字真言的誦頌中降生，又在六字真言的誦頌中離世。六字真言幾乎伴隨著廣大信教僧俗的悠悠人生，在藏區你可到處見到六字真言的字跡，“六字真言”印於經幡，飄揚於高山峻嶺，江河湖吽和牧帳刹頂。飄揚於高空，流淌於江河，還刻於石塊摩崖，日積月累形成壯觀的高原嘛呢石刻奇景，如青海省玉樹藏族自治州境內一處嘛呢石刻就有上億之多。藏傳佛教寺院的周圍，佛堂佛殿的四周都有無數個裏而裝有“六字真言”的嘛呢輪，有些藏家門道兩側排列著嘛呢經輪，小到信徒們手拿的轉經筒上刻的是六字真言，大到一間房子大小的轉經輪上刻的也是六字真言。還有的書寫在寬長的布條上，藏於經筒中。千百年來，藏族僧俗用此簡短的真言，祈求幸福，驅逐煩惱，淨化心靈。藏傳佛教徒對六字真言尊崇之深厚，信仰之虔誠，確實非同尋常。若說六字真言是藏傳佛教經典的根基，那麽六字真言也是藏傳佛教的徽章。在世人關注藏傳佛教文化研究的今天，六字真言不單純是人們祈求幸福的禱詞，而有它更富魅力的文化內涵——那就是它凝聚著千百萬僧俗群眾的心，使他們自強不息，奮勇向前。
藏傳佛教的僧職，在教內已形成一整套既嚴格又分門別類的選拔製度，它是維係藏傳佛教寺院及僧團秩序、開展各類宗教活動的重要組織保障。其稱謂眾多，概括來說，大體上可分為封號性僧職稱謂、學位性僧職稱謂、戒律性僧職稱謂和寺院組織中之僧職稱謂。