女真為主體的金廷人主中原後，北方先後出現了太一教（1138年，河南衛輝人蕭抱珍）、大德教(1142年，河北滄州人劉德仁）、全真道三足鼎立的局麵，由於王重陽創建了完善的教義、教製，王玉陽、邱處機、劉處玄等教首被金帝征召完成第一步飛躍，邱處機拜渴蒙古成吉思汗完成第二步飛躍，使全真道在北方道教諸派中脫穎而出，取得了“自由建造宮觀，廣收徒眾”的優勢地位。至元六年（1269)，忽必烈詔封全真道所尊東華帝君、鍾離漢、呂洞賓、劉海蟾、王重陽五祖為“真君”（王重陽為“全真開化真君”），後人稱“北五祖”；又封王重陽七大弟子為“真人”，世稱“七真”。至大三年（1310)，元武宗加封全真五祖為“帝君”（王重陽為“全真開化輔極帝君”），七真為“真君”；邱處機弟子尹誌平等十八人為“真人”。教門之盛可謂空前絕後，“千年以來道門開辟，未有今日之盛！”，其貴盛堪稱道教諸派之冠。
昆箭山作為全真道的發祥地和祖庭，受到蒙元政權以及所在寧海王的明令保護。蒙古時期，乃馬貞與海迷失兩位皇後保護道觀的懿旨立於昆崳山煙霞洞；元憲宗八年（1258)，剛被封為寧海王的哈魯罕自黑龍江頒發旨令於寧海州刻於煙霞洞神清宮山門內：不得騷擾、奪占昆箭山祖庭宮觀、土地、莊子和山林等；中統三年（1262)，新封寧海王亦思馬自上都（內蒙古多倫）頒令於昆箭山，贈唐四仙姑“寓真資化順道真人”多這一時期的昆崳山還出現了幾個鞠躬盡瘁弘揚道法的大師，使昆箭山的全真道發展達到頂峰。
李道元（生辰不詳-1320)，道號清貧子，河南衛輝路淇州朝歌人。受度於武當山袁姓高道，得法於洞明真人（王玉陽高徒孫道古，道號靈神子，靈神洞明貞晦真人）全真門下。十歲時，父母俱喪，後到同鄉鐵戶孫提舉家為婿。不惑之年起念出家，持缽雲遊，毀煉睡眠。經年心地未明，遂到武當山隨袁先生學道，開鑿石洞；後往鄧州、風翔，複回真定。至元二十六年(1289)，被洞明真人傳人尋訪，得號清貧子。先在大都洞陽觀暫住，當年四月至雲州金閣山，拜受山主。晝服重役，夜煉睡眠，閱三載，終得登仙。李道元在雲州金閣山十多年，為成就大殿、壽宮、靈堂及樹立豐碑都付出很多辛勞。大德三年（1299)，晉王令旨封“抱元真淨清貧真人”。大德六年(1302)，從雲州金閣山來到昆箭山經營。至大三年（1310年），欽受聖旨護持東華宮，當年七月蒙寧海王麾下總管忻都保舉敬為受寧海王令旨護持東華宮，為昆崳山全真教發展鞠躬盡瘁，死而後已。
李道元在昆箭山的營建主要在紫金峰。昆箭山七十二峰，紫金峰位於昆箭山南麓，海拔257米，峰秀洞幽，怪石嶙峋，獨占群峰之秀。清代學者、邑人於觀貞曾賦《雨後登紫金峰》：“紫金峰下訪全真、曲轉蘿坡少四鄰。策杖頻懷招隱願，披棒忽結看山因。雨餘屐踏苔雲破，洞口泉梳石發新。仰羨五華碑字古，攀登獅座更揮塵”。李道元來昆崳山後在紫金峰竭力興築，造洞建碑。其主要功德有：
開鑿紫府洞（東華洞）。1302年，開紫府洞，俗稱東華洞（1993年，原洞加深）。從萊州運來白色大理石，鑿五祖七真等法身十七身，安坐洞中；又置石供質案瓶爐於其內。
采玉石建立五華碑。從文獻看，五華碑應為一大四小共五石碑，“以碑為壁做石樓閣”，碑則記昆崳山全真教發展曆史、昆箭山全真教建築修築經過。皇慶元年（1312)，在三清殿東側建八角琉璃閣，中立“東華紫府輔元立極大帝君碑”，翰林修撰鄧文原撰文，翰林學士承旨資善大夫知製浩兼修國史張仲壽書丹，翰林侍讀學士朝列大夫知製浩同修國史趙孟傾篆額，清代阮元《山左金石錄》錄人，曰“此碑……文既典重有體不蹈元人案臼，書法頗與文敏相類，而文敏，篆額結體謹嚴，不類他刻，可稱三絕。”給予極高評價。原有小塊見諸果園小房，現已難覓蹤影。
修複東華宮。創教初期(1167-1169)，王重陽與徒弟們的活動區域僅在神清觀（煙霞洞）和薑實庵，活動範圍較小。金大定二十二年（1182)，馬丹陽發現峰前有石壇花圃、丹灶神爐，訪宗推原，認定為全真五祖之首的”東華紫府輔元立極大帝君”王玄甫之古宅舊址，遂召集道眾，修建東華宮。金代東華宮規模不大，王玉陽有《致契遇、東華二庵道眾》詩。金貞佑年間(1214-1217)，馬丹陽所建東華宮毀於兵火，王玉陽令其徒扈慶真修葺。李道元在開鑿紫府洞、建立五華碑後，又“起三殿兼齋廚，鑿石為山門、石欄幹”，這才算功緣畢集，大功告成。到至大元年（1308年），東華宮已建成占地上萬平方米，碑碣林立、氣勢恢弘的道教叢林，成為昆箭山全真教主要道場。清朝光緒年間還有眾多石碑，如至治三年（1323)張仲壽撰《抱元真淨清貧李真人道行碑》，大德九年（1305）焦養直撰、張仲壽書丹、譚振宗篆額碑，元至正六年（1346年）東牟處士秦才篆額、東牟逸士崔佐撰並書的《增修東華宮碑》，記載東華宮發展曆史，可惜都已散失。
延佑四年（1317）冬十一月，李道元又開朝陽洞，成群鶴來自西北；延佑五年（1318)夏，建石殿，奉太上、迎聖像。安奉之次，複有群鶴向西北來，殿前盤繞久之而去。延佑七年（1320)三月，召弟子耿道清，交代完東華宮前建立石橋的遺願後，無疾而逝，享年76歲。其間，大德九年(1305)，李道元還前往萊陽迎仙宮安葬羽化於斯的馬丹陽，鑿石為槨，立碑以記其事；延佑元年(1314）萊陽人聽說道元“持戒精嚴道心純一”，來東華宮延請道元到萊陽南早年邱處機所創建迎仙宮住持。此時殿宇塑像已毀，李道元整修如故，複立磚閣，造玉石像安奉於內；又將丹陽祖師所度十界元百仙圖旋轉刻像，各鐫姓名，立碑紀之。三年以後欽奉聖旨護持迎仙宮。
耿道清（生辰不詳-1343)，李道元徒弟，東華宮住持。見於查山雲光洞至正七年（1347年）《重修增福延壽宮碑記》、泰定五年(1328)《寓真資化順道真人唐四仙姑祠堂碑》。耿道清也為昆箭山全真教做出了重大貢獻，主要完成李道元的遺願募建迎仙橋，並倡議興建玉皇閣。迎仙橋，在東華宮西，橋之兩端鑿石為將軍（石人像）鎮之，故俗名將軍橋，至治間（1321一1323）東華宮道士耿道清築，有至治二年（1322)碑。耿道清不韙先師囑咐，托缽南遊江西路，找到李道元舊相識南豐州達魯花赤那懷等，募得中統鈔五千餘貫，遵從李道元的遺願建立石橋。石橋高40尺，長120尺，闊12尺。
玉皇閣。東華宮主要殿宇建築修營完善後，東華宮提點耿道清曰：“人為萬物最靈貴者，天地之間，惟上帝玉皇至尊至大，為人之大宗也，可不立而祀焉。古雲豺獺尚知報本，而況於人呼！”於是規劃籌資，．在東華宮北、東華洞上約數十尺高的一塊平坦巨石上鳩工劈石，興建玉皇閣以為朝夕參禮祝延聖壽之壇。營謀未成而羽化登仙。山主殷誌和及繼任提點韓道微、董道安等人繼之，文登縣達魯花赤大都驢、文登縣洪水寨宋雲用鼎力襄助，各施統鈔二千貫。石閣完成後，又命石匠以白玉石刻聖像，安於其座。
武道彬（生辰不詳-1330)邑居無考，賜號“雲真淵靜明道真人”，素工醫術、卜筮，樂施者甚眾，問道德、求法名者又多，雖日夜問答無少倦怠。大德元年（1297）五月，郡旱求雨，澤流四方；三年(1299）施法驅蝗。武宗皇帝降璽書護其宮，宗藩及顯宗居晉邸時皆發教為真人維持；寧海王又錫以“雲真淵靜明道真人”之號，賜金冠雲鶴氅。無疾而逝。元天曆三年（1330)中憲大夫、太子左讚善張起岩為做《道行碑》，弟子王道安、劉道永立石，字多剝蝕不可辯。卒於東華宮之東堂，壽年八十。官僚士庶鹹集於庭，表號致奠者不絕。
除了幾個高道，這一時期另一令人驚歎的遺跡是聖經山摩崖石刻即太上老子道德經摩崖石刻。摩崖石刻位於紫金峰西北方向海拔358米的聖經山之顛。山頂兩石屹立，西石高3米，長4.2米，陽麵陰刻“聖經山”三字，字徑50厘米；東石高6米，長15.6米，狀如新月，俗稱“月牙石”，陽麵陰刻《太上老子道德經》上、下兩卷，全文約6000字，字徑10厘米，隸書變體，近於楷書，古拙蒼潤（照片）。因年久風化，下卷已難辨識年代姓名。此石刻雕工精湛，為國內罕見的大型道教摩崖石刻，1992年被公布為山東省重點文物保護單位，2006年列為第六批全國重點文物保護單位。馬丹陽在紫金峰的時間短暫，刻石工程巨大，當為昆箭山全真教鼎盛時期的產物。
與此同時，玉虛觀萬壽宮作為全真道崳山派的祖庭也是膠東道教聖地，屢經修葺，規模不斷擴大，道門提點駐節此觀。元代大文學家元好問在《懷州清真觀記》中稱：“天下道院，武觀為之冠，濱都次之，聖水又次之。”成為北方道教第三大叢林，湧現出一批高道如尊宿通玄葆和大師（道門提點）方道顯、敦樸葆光大師（提舉）韓道和、靜應通玄大師（提點）宋通榮、萬壽宮本宮提點高道林等。
全真道內修“真性”（成仙證真之本），外修“真行”，先性後命，以“明心見性”為修煉第一要務這種隻修一己性命的做法不為明朝統治者所讚賞；加上全真道因投靠女真、蒙古少數民族政權造成教門繁榮，也與以“驅除胡虜、恢複中華”為口號的大明王朝格格不人，全真道在明朝受到冷遇是必然的。宗教的存在與發展，主要靠統治者的信仰和支持，以及其為人民群眾所接受的範圍和程度，失去了統治者的崇奉和扶持，昆箭山乃至整個北方地區全真教迅速蕭條下來，以東華宮、玉虛觀萬壽宮、煙霞洞神清觀為代表的昆箭山全真道中心道事寥落。但由於宗派繁衍，教團經濟基礎雄厚，以及廣泛的社會基礎，全真教在昆箭山還有少量的宗教活動。
明神宗（1573一1620）時，印造道教《大藏經》頒施在京及名山道觀供奉。萬曆三十九年(1611)四月，敕頒藏經“廣通之寶”璽詔，並贈煙霞洞神清觀《大藏經》，特譴禦馬監張簡來昆箭山，算沾點皇恩，此後再無下文。
明景泰四年（1453)，原籍蘇州府嘉定縣的文登縣信官蔣理發心施財，壯塑東華宮聖像，祈保平安，如意吉祥，此後再無維修者。明中葉以後東華宮毀於火，斷壁殘垣，再無繁榮的機會。
玉虛觀萬壽宮仍有較大影響，明代提督學政邵賢曾有詩碑題於萬壽宮東西山牆。
清初，由於民族，矛盾激化，出現了和全真道興起時相同的政治氣候，全真道中的龍門派出現複興景象，但再也無法達到元代那樣的鼎盛局麵。由於順治年間（1644一1661）昆箭山六度寺僧常和尚等人助棲霞人於七舉行反清起義，作為全真道發祥地的昆箭山寺觀遭到嚴重毀壞，從此一蹶不振。
清後期昆箭山東南部的全真道活動有所恢複。鹹豐四年(1854)，玉虛觀萬壽宮最後一次維修。另外，明中後期全真教箭山派在玉虛觀東南今小觀鎮大蘆頭村附近創立了太平觀，按“本和教忠禮智時阿吾基遠近從何起陽子結金輝”20字排行，在清代後期第十三代王從政主事時達到強盛。王從政在北京白雲觀受戒一年，從北京帶回禦賜“道為吾友德即我鄰”對聯和“三茅第及”、“九轉丹成”兩支金字匾，並於同治六年（1867年）重修太平觀。此時太平觀與北京白雲觀、青島天後宮、嶗山上清宮以及昆箭山的神清觀、東華宮、玉虛觀都有密切往來，堪稱昆箭山全真道最後的落日餘輝。
全真派在元代中後期，由於紀律鬆懈和人才匱乏之類的原因，發展落入低穀。到了清朝順治、康熙年間，七代律師王常月開壇說戒三次，對於全真派進行了大規模整頓。由此，全真派中興。王常月當年留下的講稿被整理為《龍門心法》。我認為，無論是否從宗教角度入手，他的很多觀點和說明問題的方式都是很有價值的。
就目前來看，全真派在管理方麵的規矩要比正一派多出許多。事實證明，管理上紀律是第一位的……
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“全真道興盛於金元時代，是宋元新道派中最大也是最重要的一派。元以降，與正一道作為兩大道派延續至今。
全真道創教人王喆(公元1113-1169)，號重陽子，陝西鹹陽人，出身富家，仕途無進，於是入道。他自稱於正隆四年(公元1159)在甘河鎮遇異人授以真訣，自此棄家入終南山南時村居於穴中修煉，號其穴為「活死人墓」，自號「王害風」，佯狂裝瘋。大定七年(公元1167)，放火燒掉所住茅庵，雲遊至山東半島，正式亮出全真旗號，收了馬鈺、譚處端、劉處玄、邱處機、王處一、郝大通、孫不二七大弟子。這七大弟子成為全真道興旺發展的骨幹，各自形成門派，後稱「北七真」。王重陽在山東半島創教、傳教的時間隻有三年，大定九年(公元1169)秋，他留王處一、郝大通在昆崳山修煉，自己攜邱劉譚馬四大弟子返關中，抵開封而逝。弟子搜集遺留詩詞千餘首，編為《全真集》刊行。王重陽之後，大弟子馬鈺繼任掌教，其餘六真在山東、河北、陝西、河南等地傳教，在民間逐漸擴大了影響。馬鈺掌教期間，教旨以無為為主，離塵去俗，識心見性，以道士的樸素苦行吸引社會人士信向，尚未與統治者結上關係，也未營造宮觀。這是全真道發展的第一階段。從公元1187至1219年，為全真道發展的第二階段。這是全真道進一步發展而漸漸壯大的時期，劉處玄、邱處機先後掌教，以山東半島為活動中心。此時的全真道，特別注意爭取金朝統治者的承認和重視，並開始營造宮觀，建立宗教活動基地。隨著全真道在民間勢力的增大，金廷也日益重視它。泰和元年(公元1201)、三年(公元1203)王處一兩次被徵召，皇帝的一再徵召，反過來又提高了全真道地位，促進了它在民間的流傳。從公元1219年起，全真道的發展進入第三階段，到達鼎盛，促這一局麵的關鍵人物是邱處機。邱應成吉思汗之召，以七十多歲高齡率徒赴西域雪山(今阿富汗境內)，勸其戒殺，取得成吉思汗尊敬，稱他為邱神仙，令他掌管天下的出家人，並敕免全真道士差役賦稅。邱處機於公元1224年東歸，回到燕京(今北京)，住於太極觀(後改名長春，宮)，該觀從此成為全真道首腦機關所在地。邱處機提出「立觀度人」，此後全真弟子大建宮觀、廣收門徒的活動大為展開，全真道觀逐漸遍布北方。公元1227年，邱處機卒，葬於長春，宮處順堂，即今天的北京白雲觀。從邱處機掌教後，全真道有了很大發展。
元代全真道的發展進入鼎盛期。全真道大建宮觀，廣收門徒出現許多知名道士，一派道門興旺景象。邱處機去世後，繼起掌教者尹誌平、李誌常進一步拓展全真事業，爭取統治者支持，使全真道獲得進一步發展，步入頂峰。全真道不僅在北方成為道教重心，還渡江南傳，江浙鄂閩等地都有了全真道的活動蹤跡。元初江南全真道最大的活動點在湖北武當山，徒眾甚多。全真道南傳之前，江南已有金丹派南宗煉內丹，自稱丹法出於鍾、呂、劉，與北方全真道同源異流。南宗教團不大，未受元室重視，於是南宗徒裔在元代紛紛合流於全真門下，其著名者有李道純、陳致虛等。至此，全真道傳遍大江南北，盛極一時，與正一道勢力不相上下。全真道政治地位因元室冊封全真祖師而有了很大提高。至元六年（公元1269），忽必烈詔封全真道所尊東華帝君、鍾離權、呂洞賓、劉海蟾、王喆五祖為「真君」，後人稱為北五祖；又封王喆七大弟子為真人，世稱七真。至大三年(公元1310)，元武宗又加封全真五祖為帝君，七真為真君，邱處機弟子尹誌平等十八人為真人。不少全真道高道知集賢院道教事。大略從元中期至元末，可算全真道發展的第四個階段，呈外盛內衰之象，教風有變，趨於蛻化，教內高道缺乏，落入發展平平的局麵。與此相比，正一道成為元代中後期較興盛的道派。