太後下嫁攝政王一事，史學界尚有爭議。有的小說家試圖從愛情角度解釋這樁婚姻，這恐怕有點理想主義。多爾袞生活放縱，拘豪格妻其妻，又擅娶朝鮮國王族女，一女不足其欲又娶一女，這是官書明載的事情。太後下嫁，迫於時勢，有什麽愛情可言，恐怕是大值推敲的。何況實際上，盡管孝莊退讓一而再，再而三，最後屈身下嫁，多爾袞對皇位的覬覦絲毫沒消退。有一次他還對人說：“若以我為君，以今上居儲位，我何以有此病症！”福臨即位後，諸臣多次提出給皇帝延師典學，多爾袞都置之不理，有意讓福臨荒於教育，做一個傻皇帝，致使福臨十四歲親政時，不識漢字，諸臣奏章，茫然不解。多爾袞對孝莊兒子如此，所謂“愛情”雲雲是很難令人信服的。
“太後下嫁攝政王”問題，是清史研究中一大疑案，至今史學界尚有爭議。在民間，這個說法流傳甚廣，但見諸文字者，是清末刊行的明朝遺臣張煌言《蒼水詩集》，其中《建夷宮詞》有一首影射太後下嫁，詩文是這樣寫的：
上壽筋為合巹尊，慈寧宮裏爛盈門；
春官昨進新儀注，大禮恭逢太後婚。
慈寧宮是皇太後的居處，春官指禮部官員。這首詩的意思是說，慈寧宮裏張燈結彩喜氣洋洋。昨天禮部呈進了預先擬定的禮儀格式，因為正遇上太後結婚典禮。《蒼水詩集）｝一出，“太後下嫁”一事仿佛得到了證實。張煌言作詩時間大概是順治六、七年間，當時清宮的太後有兩位，一位是正宮孝端文皇後，當時年近五十，不可能嫁給三十多歲的多爾袞，另一位就是福臨的母親孝莊文皇後，她小於多爾袞兩歲，因此詩中所指的太後下嫁，隻能是孝莊。然而這畢竟還隻是一種推測，因為詩歌吟詠，是不能作為史證的。清亡後，民國教育部清理禮部檔案，發現存檔的曆科殿試策文中有“皇父攝政王”字樣，與“皇上”同格抬寫；後來清理大庫紅本（皇帝禦批之件〕檔案，發現順治四年之後內外奏疏亦多稱“皇父”，與蔣良騏《東華錄》順治五年詔封皇叔父為皇父攝政王、順治八年追論多爾袞罪狀詔中“自稱皇父攝政王”、“又親到皇宮內院”等語正相照映，加上孝莊死後不與皇太極合葬，而是獨葬關內，所以許多人認為，太後下嫁一事大致可作定論。
著名清史學家孟森卻不同意這一說法，認為張煌言對清廷懷有成見，其詩不能作為史實根據，帝後分葬在清代不乏其例。如真有其事，當時私人著述裏應該有所反映，清末民初有大量的前清私家著述印行問世，除了張煌言的詩之外，沒有什麽可以印證“太後”下嫁攝政王的史料，因而下嫁雲雲，是“敵國”（指南明政權）之傳聞而已。
但也有人認為此事發生．的可能性極大。朝鮮李朝實錄中有一段文字涉及“皇父”，很可玩味：“順治六年二月壬寅，上潮鮮國王）曰：‘清國谘文中有皇父攝政王之語，此何舉措？’金自點曰：‘臣問於來使，則答曰今則去叔字，朝賀一事，與皇帝一體雲。’鄭太和曰：‘敕中雖無此語，似是已為太上矣！’上曰：‘然則二帝矣！’”清廷使臣答朝鮮官員金自點那句話，含糊其辭，閃閃爍爍，正可說明其中有難言之隱，朝鮮大臣鄭太和已看出其中委曲，指出多爾袞已作了太上皇，那麽實際上就是說多爾袞已經當了皇帝的父親，這跟說太後下嫁攝政王是一個意思。
多爾袞死時，追諡為“誠敬義皇帝”，用皇帝喪儀，神位附太廟（祭祖之地），這種待遇，除了皇帝本人，隻有以旁支入繼大統的皇帝的生父才配享用，如果作為皇叔或者輔政大臣，多爾袞是難以企及的，所以我們可以說，孝莊下嫁多爾袞是很有可能的。相信隨著新史料的發現，這個曆史疑案遲早會真相大白。
順治七年（1650）十二月，多爾袞出獵，死於喀喇城，被追尊為“誠敬義皇帝”，用皇帝喪儀。福臨親政，來到兩月，即宣布多爾袞“謀篡大位”等種種罪狀，削爵毀墓並撤去太廟牌位，籍沒家產，多爾袞的黨羽也受到清洗。在“倒多”過程中，濟爾哈朗取而代之，成為一個新的權力集中點。孝莊敏銳地發現了這一苗頭，防微杜漸，讓福臨發布上諭，宣布一切章奏悉進皇帝親覽，不必啟和碩鄭親王（濟爾哈朗），消除了可能產生的隱患。年少的皇帝在太後的安排下理政、讀書，如饑似渴地吸收漢文化，在大膽使用漢官、整頓吏治等方麵，開創了清初政治新局麵。
權力鬥爭剛告一段落，孝莊又陷入家庭矛盾的旋流。如前所述，滿蒙聯姻，是清太祖努爾哈赤在位時定下的既定國策。大清帝國的建立，蒙古八旗也立下汗馬之功，蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股倚為股肱的力量。為了確保這種關係代代相傳，也為了保持自己家族的特殊地位，福臨即位不久，孝莊就冊立自己的侄女、蒙古科爾沁貝勒吳克善的女兒博爾濟吉特氏為皇後，順治皇帝親政當年，就大禮成婚，正中宮之位。自古帝王婚姻，總是帶有明顯的政治色彩，人的喜好與感情則是次要的。而福臨恰恰缺乏這種胸懷，他更多以自己的好惡來對待這種關係。皇後博爾濟吉特氏聰明、漂亮，但喜歡奢侈，而且愛嫉妒。本來，作為一個貴族出身的女子，這些並不是什麽大毛病，但福臨卻不能容忍，堅決要求廢後另立。這個未成年的皇帝性格十分執拗，盡管大臣們屢次諫阻，仍然堅持己見，毫不退讓。順治十年（165）八月，孝莊見兒子實在沒有回轉餘地，隻好同意，皇後降為靜妃，改居側宮。為了消除這一舉動可能帶來的消極政治影響，孝莊又選擇蒙古科爾沁多羅貝勒之女博爾濟錦氏進宮為妃。但福臨對這位蒙古包裏出來的漂亮姑娘同樣不感興趣
董鄂氏被接入宮中皇貴妃在後宮的地位僅次於皇後，不過福臨對董鄂氏的感情，已到了無以複加的地步。他認為董鄂氏有德有才，正是理想的皇後人選，因此準備二次廢後。假如福臨再度廢後，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宮主子之位，勢必影響滿蒙關係，傾動大清帝國的立國之基，孝莊毫不猶豫地對兒子的舉動進行了抑製。結果，母子間出現隔閡，順治皇帝甚至公然下令摳去太廟匾額上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇後，對於安排自己命運的同族婆婆並無絲毫感激，相反把不幸和怨恨，統統歸集到太後身上，連太後病倒，也不去問候一聲。對於這一切，孝莊都忍受了。寬容理解是她的原則。這種微妙緊張的母子婆媳關係維持了五六年，幸而她有多年的政治經驗和堅毅的性格，清帝國的基業才不致因後宮的傾動而發生動搖。孝莊這種苦心，福臨與皇後恐怕都不理解，倒是通達人情的董鄂氏能夠體諒孝莊的苦衷，她主動周旋於皇後與皇帝之間，緩和調節雙方矛盾，有時起到孝莊所難以達到的作用。唯其如此，孝莊有什麽事總是找董鄂氏商量，有什麽話總是找這個兒媳婦說，以至於到後來，婆婆對兒媳幾乎到了不能離開的地步。
順治十四年（1657）十月，董鄂氏產下一子，四個月後不幸夭折，喪子的悲傷使她鬱鬱成疾，宮廷矛盾的精神重負使她原來有病的身體更加虛損贏弱。順治十七年（1660）八月，董鄂氏病故。皇帝遭此打擊，精神頹落，懨懨無生趣，未出半年，患痘症而逝。
福臨死前留下遺囑，八歲的皇三子玄燁入繼皇統，改元康熙。為了避兔攝政王專權的悲劇重演，皇帝有意撇開皇室親王，安排了四位忠於皇室的滿洲老臣索尼、遏必隆、蘇克薩哈和鼇拜輔政。當時安徽有位叫周南的秀才千裏迢迢趕到北京，請求皇太後垂簾聽政，孝莊嚴詞拒絕了，因為清建國之初曾總結曆史上外戚幹政導致亡國的教訓，規定後妃不得臨朝幹政，孝莊當時雖有足夠的聲望與資曆臨朝，但此例一開，將來或許貽息後代。因此她堅持了大臣輸政的體製，把朝政托付給四大臣，自己則傾力調教小孫子，培養他治國安邦的才能，以便他親政後能擔當起統禦龐大帝國的重任。沒有想到順治所擇非人，口是心非的鼇拜很快暴露出專橫暴戾的本性，欺皇帝年幼無知，廣植黨羽，排斥異己，把攬朝政，儼然是攝政王再出。鼇拜出身戎伍，對於順治朝吸收漢文化變更禮製的做法很不適應，一朝權在手，便把令來行，凡事都要循祖製、複舊章，並且公然打破順治四年不再圈地的禁令，借旗地交換之機，擴大圈地，使大批農民流離失所。鼇拜這種倒行逆施的行為，引起朝野上下的不滿，但大部分人懾於鼇拜淫威，不敢作聲。輔政大臣中，索尼年老畏縮，遏必隆軟弱，依附鼇拜，唯一敢於與鼇拜頂著幹的蘇克薩哈資曆淺，一直處於受壓地位。康熙（1667）六年，玄燁十四歲，按例親政。但鼇拜不但沒有收斂，反而變本加厲。蘇克薩哈因為受鼇拜壓製，乘皇帝親政之機，上奏辭職。請求去守先帝陵寢，“俾如線餘息，得以生全”。實際上是向皇帝抗議鼇拜的專橫。鼇拜也清楚蘇克薩哈的用意，他和同黨一起，捏造蘇哈薩克二十四條大罪，將蘇拘捕入獄，要處以極刑。蘇克薩哈從監獄裏送出申訴，皇帝獲悉，堅決不同意，鼇拜竟“攘臂帝前，強奏累日”，最後，將蘇克薩哈處以絞刑，九族株連，家產沒官。鼇拜的存在已成為皇帝權威的一個威脅，但鼇拜羽翼已成，處置稍有不當，可能就會激成巨變。如何解決這個問題呢？此時的孝莊對這些問題已有了相當經驗。她悄悄關照性急的孫子，要他隱忍一切，同時不露痕跡地布置起來。也不知從哪一天開始，皇宮裏出現了一批少年，專門練布庫（滿語：摔跤），說是皇帝喜歡這種布庫戲。對於一個十四五歲的少年來說，這是完全可以理解的，所以誰也沒有多想什麽。就在大家對宮廷布庫戲習以為常的時候；康熙八年（1669）五月的一天，鼇拜進宮晉見，在路兩旁要著玩的小孩突然一擁而上，七手八腳把他擒住了，等到鼇拜緩過神來，縱有過人膂力，都已無濟於事了。魔頭落網，黨羽流散，威脅皇權的鼇拜集團，就這樣未動一刀一槍，連根拔除了。皇帝奪回了權力。
順治皇帝臨終時，原屬意於次子福全，孝莊看中了玄燁，通過皇帝信賴的傳教士湯若望說項，才改立玄燁，所以說玄燁是孝莊一手扶立的。玄燁八歲即位，十歲時生母佟佳氏亡故，照看他的是祖母孝莊太皇太後，所以祖孫二人感情十分融洽。孝莊不但關心他的起居，而且對他的言語舉動，都立下規矩，嚴格要求，稍有逾越，則嚴厲批評，不稍寬縱與假貸。在她的教導下。玄燁健康成長，一個未來傑出帝王的特質和寸具，在少年時代打下了根基。鱉拜集團鏟除後，孝莊放手讓玄燁理政，讓他在實踐中得到鍛煉，又一再提醒他要謹慎用人、安勿忘危、勤修武備等。對於祖母的教誨玄燁非常尊重，重大事情無不先一征求意見，然後施行。在他們的攜手努力下，清王朝從動亂走向穩定，經濟從蕭條走向繁榮，為平定三藩、統一台灣和邊疆用兵等大規模戰爭奠定了物質基礎。清王朝在康熙朝形成第一個黃金時代，其中包含了孝莊的一份功勞和心血。
孝莊生活儉樸，不事奢華，平定三藩時，把宮廷節省下的銀兩捐出犒賞出征士兵。每逢荒年歉歲，她總是把宮中積蓄拿出來賑濟，全力配合、支持孫子的事業。她的表率行為，更使皇帝增加十二分敬意。康熙二十一年（1682）春，皇帝出巡盛京，沿途幾乎每天派人馳書問候起居，報告自己行蹤，並且把自己在河裏捕抓的鰱魚、鯽魚脂封，派人送京給老祖母嚐鮮；二十二年（1683）秋，康熙陪祖母巡幸五台山，一到上坡地方，皇帝每每下轎，親自為祖母扶輦保護。孝莊與皇帝這種親密和諧的關係，反映了她的為人，與二百年後同樣經曆三朝、對中國政治產生重大影響的慈禧太後，是截然不同的。
康熙二十六年（1687）十二月，孝莊太後病危，康熙皇帝晝夜不離左右，親奉湯藥，並親自率領王公大臣步行到天壇，祈告上蒼，請求折損自己生命，增延祖母壽數。康熙在誦讀祝文時涕淚交頤，說：“憶自弱齡，早失估恃，趨承祖母膝下，三十餘年，鞠養教誨，以至有成。設無祖母太皇太後，斷不能致有今日成立，同極之恩，畢生難報……若大算或窮，願減臣齡，冀增太皇太後數年之壽。”然而自然規律是無法抗拒的，該月二十五日，孝莊走完了她的人生旅程，以七十五歲的高壽安然離開了人世。皇帝給祖母上了尊崇的諡號—一孝莊仁宣誠憲恭懿翊天啟聖文皇後。根據她的遺願，靈樞沒有運往盛京與皇太極合葬，而是暫安在京東清東陵。
據史書記載，孝莊之所以沒有與皇太極合葬，是因為她病危時，曾對康熙皇帝說：“太宗文皇帝梓宮安奉已久，不可為我輕動，況我心戀汝皇父及汝，不忍遠去，務於孝陵近地擇吉安厝，則我心無憾矣！”孝莊死後，梓官（即棺材〕僅在宮中停放十七天，尊溢旋上旋停，在整個康熙朝一直沒有啟用；梓宮暫安（下葬前安放某處叫“暫安”）奉殿長達三十八年之久，直到雍正三年才匆匆動工營建陵寢（昭西陵），而陵工倉促，不到一年就草草修就。
有的研究者認為，孝莊遺囑中“不忍”雲雲，不過是一種托詞，其實是因為下嫁多爾袞，無顏於黃泉下複見本夫；也有人認為，遺囑本身可能是一種宮廷精心設計的偽詞，為下一步喪葬處置作鋪墊，這裏又涉及到“太後下嫁”問題，請參照前麵對於太後下嫁的介紹。