理藩院經起一劫，可謂元氣盡傷。就算鳳九淵下達了特赦詔書，讓90%的官吏和技師得以超生，但將會被殺掉的那10%卻都是支撐起整個理藩院的梁柱，一旦他們被砍了腦袋，理藩院恐怕在二十年內也難以恢複被整肅之前的實力。
你說鳳九淵急不急呢？
他當然急！
正因為這樣，那些頑固份子才咬定鳳九淵不敢拿鳳凰界的國運來作賭注，將他們一網打盡，因此不管大理寺怎麽審，怎麽問，他們都咬緊牙關，不招不認。盡管鳳九淵的屠刀已經揮了起來，殺掉了一批最強硬的，他們依舊認定不過是做樣子給他們看，在嚇他們招供，因此就越發的堅定起來。
鳳九淵說了：你不招、不認沒關係，隻要刑部找到了確實的罪證，該斬立決的斬立決，該滅門的滅門，該夷族的夷族，絕不特赦。如果你懂事，曉得主動招供，那麽，一律從寬處置。
他怕人不信，特地赦免了兩名鳳凰社的高級都管。這兩人涉案的金額都不小，一個是三百萬金幣，另一個是一百八十多萬，按律都該夷族了，但鳳九淵說：“他們不是把錢拿去買田置宅了麽？那就先抄他們家，看能找補回來多少，差額的，讓他們以待罪留職，給我拚命地還去，哪一天還清了，哪一天免除罪名。如果還不清就死了，就讓兒子、孫子、重孫子去還，直到還清了為止。這法子確實不人道，但我就要讓所有貪墨的人知道，把公家的往自己包包裏頭搬，總有一天要還的！”
開了這個好頭之後，後來就陸續有人主動招供，坦誠自己幹了哪些壞事，利用職務之便，謀得了多少好處等等。隨著規模的逐漸擴大，整個理藩院的爛攤子就徹徹底底地被翻了出來，除了少數極其清廉自守的，幾乎所有人都陷入了這個臭泥潭之中，難以自拔！
為了杜絕這一情況再度發生，鳳九淵就下詔了，從今以後，理藩院納入督察院的監督，核審部每年都必須對其賬目進行審計，一旦發現問題，從嚴從重處置。
饒是如此，他還是沒有將理藩院貶級，納入中書省管理之下。但為了從體製上對理藩院的權力進行限製，他還是做了不少工作，特別是責成太傅師若般製定新的管理規範，讓理藩院的財政大權收歸財部，人事任命權歸皇帝，作坊內部事務管理由工部介入，安保管理則由關部負責。有了這些牽扯，理藩院絕對不可能再像以前那樣為所欲為了。
理清了這些之後，他才開始著手讓理藩院在盡可能短的時間內恢複活力。
可是需要怎麽做呢？優秀人才幾乎損失殆盡，這讓完全依靠人力的武備研發和生產體係遭遇了毀滅性的打擊。
盡管很多大臣都痛恨理藩院官吏的作為，恨不能將他個個都誅九族，但他們也清楚，如果真這樣做了，鳳凰界恐怕也會被誅了九族，死無葬身之地的。正是這樣，鳳九淵的特赦詔書才會在門下省沒有遭遇半點的阻力，輕而易舉地通過了。盡管在朝會上朝臣們都力阻他頒下特赦詔書，但在事實既成之後，卻沒有一個人上書反對。這就是因為大家都清楚理藩院是不能倒的，懲辦首惡可以，切除毒瘤也可以，但不能將整個兒都給摧毀了。
但他們卻不知道的是，鳳九淵早在就籌謀用更先進的管理方式和生產體係來取代理藩院。原想隻是尋個漏子對理藩院這輛龐大的戰車開始外科手術式的改革，然後再逐步深入，沒料到理藩院竟然爛到了根子上，不連根拔除就不足以根治。經過深思熟慮之後，鳳九淵覺得自己再能不投鼠忌器，必須痛下決心，盡早完成理藩院的徹底革新，若是一步一步地來，終其自己的一生，恐怕都難以完成理藩院的最終改革目標。
他一邊是想要徹底改革理藩院，一邊又下特赦詔書，赦免罪刑較輕的官吏，這樣的做法不是很矛盾的？
看似矛盾，其實一點也不衝突。
第一，他的目標是要改革理藩院，而不是毀滅理藩院，更不是殺人，更何況真要所將有人都依律懲治了，沒有百萬顆人頭填不起這個大案牽扯出來的坑的。試問哪個帝王在麵對這樣的情況時，會真的堅定信念，將律法徹底地執行下去呢？鳳九淵也想過，律法的神聖性是不可侵犯和褻瀆的，一旦動搖了，以後恐怕會生出更大的亂子。但有什麽辦法呢？即便是特赦詔書頒下了，被斬殺的人依舊超過五萬之數，想想曆史，想想後世，他覺得自己‘暴君’或是‘殺人皇帝’的帽子是戴定了。
第二，宇宙很大，真的很大，大到就連劃分出了左中右上下五個宇宙世界的中宇宙智慧生命們都還不知道它的真正邊際在哪裏，而他的最偉大誌向卻是做一個真正的宇宙級軍火商。以星海工業+無回城的實力，尚不及占領整個左宇宙世界的市場，而理藩院雖然曾是中宇宙世界軍火市場的霸主，如今卻也風光不再。要實現理想就必須得有足夠的底氣。底氣又是什麽呢？那就是強大的科研和生產能力。不管是星海工業還是理藩院，他都要保證以自己的研發創造為主體，然後再帶動整個體係的有效運轉，才能一步一步邁向宇宙軍火商的至高巔峰。就目前理藩院的生產規模而言，是遠遠不能滿足他的計劃的，就算他在圍繞以九天為中心的基礎上建立起了整個智能化產業鏈，對人手的需求依舊相當的大。所以，保住那些人的命就是保住自己的理想，也是保住鳳凰界的未來！
為理想奮鬥的過程真的很美好！
盡管還要麵對這樣那樣的艱難，但鳳九淵想一想自己曾經說過的豪言壯語：讓整個宇宙中都遍布我鳳九淵研製出來的戰艦，心下就一陣悸動，渾身的熱血都開始沸騰。什麽陰謀，什麽詭計，什麽利益，他都可以通通地拋開，拋得遠遠地，讓一切都為了這個目標服務。
待楊源將新理藩院的架子重新搭起來後，就派人把他叫進了宮裏，將早準備好的圖紙交給楊源，道：“先按這個圖樣，建造兩萬個傀儡工人。我預計這大約隻需要三天時間就可以完成！然後用傀儡工人來製造傀儡工人，五天之內，給我造出三十萬個來！”
楊源拿著圖樣，但卻看不出個所以然來，偏又懷疑能不能在五天內完成三十萬個傀儡工人的生產任務，便問道：“皇上，我們有的是充足的人手，為什麽要造傀儡工人呢？這會不會浪費資源？”
鳳九淵大搖其頭道：“人力終究有限，傀儡工人的工作效率卻是人類的百千倍，既不用休息，也不用支付工錢，站在長遠的角度來說，你覺得是人力好，還是傀儡工人好呢？”
楊源道：“原來如此，若是這樣，那自然是傀儡工人更好了。臣這就去辦！”
鳳九淵先叫住道：“別忙，這還有呢……”又交給楊源一疊圖紙，道：“這些，都給我按圖、按質按量製造出來，以後有大用。”說完，哼了一聲，便冷笑起來道：“現在不知道有多少人等著看我的笑話呢，他們想知道，我把理藩院給清理了，拿什麽來完成訂單的生產，拿什麽來支撐起鳳凰界來。我倒想看看，他們能笑多久？”
楊源見鳳九淵如此信心滿滿，心下也有了底氣，道：“皇上英明，必能掃清妖氛，重振理藩院……”
鳳九淵一擺手道：“這些話留著以後慢慢學吧，現在去辦事！我可是等不得了！”
楊源一走，他就激活了九天，道：“智能化生產線開始建造，接下來就看你的了。理藩院的底子遠比星海工業來得厚，若是能夠完成將星海工業和理藩院合而為一，那將是前所未有的跨越。你覺得呢？”
九天道：“想法是美好的，但問題是，你怎麽實現讓它們合而為一？”
“這還要等那邊完成通信設備的更新才成。你現在最主要的任務就是新型產品的研發，隻要手裏有了貨，等生產線一建起來了，咱們就又是老大了！”
“你就這麽喜歡當老大？”
“你不喜歡？”
“好吧，我承認，我也喜歡……既然分配了這麽重的任務給我，這段時間可別隨便叫我，我要專心做事！”再加上一句：“我要當老大！”
鳳九淵哧地一聲冷笑道：“你當我稀罕叫你？滾！”
九天哼哼道：“你說的？我滾遠了可就再也滾不回來了！”
“滾，滾，滾……”
眼看著從馮宣案拉開的黑幕越來越大，越來越黑，再加上流言蜚語，鳳凰界的百姓都不免有些惶惶。都怕有什麽大事要發生！鳳九淵坐在深宮裏，當然不知道外麵世界是怎樣的，而朝臣們的眼睛都隻盯著理藩院，哪裏顧得上民間？
眼看著一陣接一陣的滾滾悶雷逐漸匯聚成驚天的奔雷，真不知道這一聲炸開，將會撕扯出什麽可怕的事情來呢？