根據李根源事後回憶，他這個起義軍副總司令和蔡鍔的起義軍總司令，都是在攻下五華山之後才加冕的。不同親曆者的回憶在細節上都有模糊點，這帶來了許多學者的持久爭論。
李根源最初的工作是領導講武堂學生。但他擔心第七十三標失控，這支部隊隻有李鴻祥領導的第三營屬於革命派，其他第一、二營包括標統丁錦都是支持清廷的。因此他堅持要去領導第七十三標，而把講武堂的指揮權交給了顧品珍。事前和事後都證明，丁錦是塊硬骨頭。而最早與起義軍交戰的，也是第七十三標內部。
在軍中並無任職的李根源，他的自信來自其在雲南軍中的威望。講武堂的短期培訓，已經為雲南的十九鎮新軍輸送了不少下級軍官。李根源、李鴻祥先動起來，戰爭格局才正式拉開。
起義後成立的大漢雲南軍政府，設立一院（參議院）、三部（參謀部、軍務部、軍政部），諸將也開始排資曆，論功行賞、加官晉爵。就像今天搞綜合排名一樣，戰役中首功的將領自然非李根源莫屬，但影響力又以蔡鍔為第一，於是蔡鍔做了都督，而李根源則控製了軍政府的實權，當上了軍政部長和參議院長，次長為唐繼堯。之後，李根源以滇軍第二師師長的名義與張光遠談判。回到昆明沒多久，1912年，他就離開了雲南，入京做國會議員。之後長達十幾年的時間裏，李根源很少再回到雲南來，他選擇了四處遊山玩水，直到抗日戰爭才複出。他離開雲南的原因至今仍是一個謎。不管是他本人，還是其他親曆者，都很少言及離開一事。但縱觀史料，他為蔡鍔讓權的可能性極大。一山難容二虎，蔡鍔本身在雲南軍隊中就沒有實權，李根源在重九起義和其後的滇西會談中，都顯示出了絕對的實力。辛亥革命中，各省獨立，都督一級皆以本地人為主，所以當時滇人治滇的呼聲很高，雲南籍將領占了百分之九十以上，李根源是呼之欲出的人物。李根源無意爭這一席位，這與當初他推薦蔡鍔到雲南來的初衷一致。而他賞人識人的這一品質，受到朱德的終生推崇。
此外，革命軍內部的分歧也讓李根源失望。打下江山後，怎麽分利益？非常難。而暴力革命帶來的負麵效應也讓李根源開始謀求政治救國。重九起義的殺戮以及革命讓自己家鄉騰衝陷入另一種暴力之後，李根源內心受到很大的觸動。他願意去做國會議員，目的是想從政治上找到為中國謀前途的方法，其後他到日本，入早稻田學政治，鑽研歐事，在孫中山組建中華革命黨時，還呼籲孫中山停止暴力革命，尋求以政治救國。當時支持他的人，有許多後來的國民黨精英，如黃興、章士釗、李烈鈞、陳炯明等，這也是李根源後來與其他派係軍閥交往很深的緣由。孫中山先是求政治改革遭到否決才走上革命道路的，他不同意李根源也有原因。靈魂人物對路徑的選擇不同，對中國的整體發展都產生了不可估量的影響，這些爭論永遠都不會停止。
1912年，雲南政局穩定後，軍政府開始采取一係列外援措施。援川、征藏、援黔、援鄂，而援黔讓唐繼堯有了抬頭的機會。北伐軍是在援川後組建的，起初唐繼堯擔任總司令的北伐軍並沒有入貴州的計劃，隻想取道瀘州，與援川軍會師後趕往湖北。1912年1月27日，北伐軍出師之日，數千民眾送行，寄語“不平胡虜，請勿生還”。這個時候，蔡鍔臨時決定出師貴州。
貴州是通過不流血的革命趕走清廷統治者的，當時主力軍主要是民間力量耆老會、憲政會、自治學社和哥老會等。起義成功後，他們也麵臨著分權問題。憲政派代表戴戡等人先是發電到昆明請求支援，後又到昆明請求出兵鎮壓貴州匪類，匪類其實是哥老會、自治學社等組織。蔡鍔表現出對江湖門派一貫的態度，決定出師貴州。但後來蔡鍔了解到川情緊急，而貴州內部兩派鬥爭激烈，幾次急電，命令唐繼堯停止進黔，立即改道。但唐繼堯一意入黔，到了貴州後，僅僅用了一天時間就控製了局勢。許多回憶者對滇軍在貴州殺數千人心有餘悸，“一將功成萬骨枯”。
1912年3月4日，貴州憲政會、耆老會啟動貴州省議會，選舉唐繼堯為都督。在蔡鍔之後，唐繼堯成為第二個到外省任都督之人。老派的研究者抓著唐繼堯到貴州任都督一事不放，認為這是“竊取”之舉。但蔡鍔認可了唐繼堯的這一決定，並為他籌備了五萬兩軍餉，以支持和維護唐繼堯在貴州的統治。
唐繼堯以貴州為跳板，驟然升格為辛亥革命一級將領。1913年，蔡鍔赴京，加之此前李根源就任國會議員，唐繼堯成為雲南都督的不二人選。是年11月3日，唐繼堯離開貴州，回昆明就任雲南都督，開始了他的“東大陸主人”生涯。
滇軍的外援計劃，從其後的曆史看，是具有積極作用的。在反袁世凱的滇軍高層秘密會議中，有一條是，如果有一個省響應雲南，那麽雲南就起兵護國，否則，一切休談。當然，這個時候的唐繼堯已是非常有影響力的人物，而之後護國運動中多省聯軍的成立，如果沒有之前的北伐，顯然是缺乏軍事基礎的。
1915年12月23日夜裏11點，由唐繼堯、任可澄發出的《致袁世凱請取消帝製並嚴懲帝製禍首電》要求袁世凱取消帝製，並要求“楊度、孫毓筠、嚴複、劉師培、李燮和、胡瑛、段芝貴、朱啟鈐、周自齊、梁士詒、張鎮芳、袁乃寬等人，即日明正典刑，以謝天下”。三天後，袁世凱沒有回應，唐繼堯等人發出二次通電，宣布雲南獨立。之後，便是轟轟烈烈的護國運動，最終迫使袁世凱取消帝製。
這段曆史長期被誤讀，杜奎昌先生輯注的《唐繼堯護國討袁文稿》還原了許多曆史真相。時值辛亥百年，雲南一片安寧氣象，願諸公在九泉之下安息才是。特約撰稿周重林
參考資料
唐繼堯《東大陸主人言誌錄》
庚恩暘《再造共和會澤大事記》
《雲南省文史資料選輯》
《貴州省文史資料選輯》
《湖南省文史資料選輯》
《昆明市文史資料選輯》
《雲南辛亥革命資料》
沈雲龍主編《唐繼堯》
劉存厚《雲南光複陣中日記》
祝鴻基《陸軍第十九鎮及雲南講武堂對雲南辛亥革命的關係》
祿國藩《辛亥革命前後有關雲南史實三則》
李根源《雪生年錄》
楊瓊《李印泉先生傳》
杜奎昌輯注《唐繼堯護國討袁文稿》
周鍾嶽《雲南光複諸人事略》
祝宗雲《滇南光複偉人張文光傳》
謝本書《唐繼堯傳》
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1912年四川軍政府成立後，川督尹昌衡改編川軍為五個師，第五師師長為熊克武。1913年二次革命爆發，熊克武在重慶宣布獨立，成立重慶討袁軍總司令部，熊克武任總司令，楊庶堪任民政部長，劉植藩任軍政部長兼參謀長，但懋辛任副參謀長兼督中路之師。討袁軍由原蜀軍兩個團，川軍第五師兩個旅共九千人合編為四個支隊，一個川江水師，一個炸彈隊。龍光、呂超、李樹勳、劉植藩分任四個支隊司令，餘際唐任川江水師司令，曾子玉、顏德基分任炸彈隊隊長。討袁軍計劃兵分三路，由第一支隊取中路經永川、榮昌、隆昌，進取瀘州；由第二支隊扼守合川，防禦北路；第三、第四支隊防禦南路，分拒滇、黔軍。與此同時，袁世凱命令鄂督黎元洪、陝督張鳳翽、滇督蔡鍔、黔督唐繼堯派兵合攻重慶。川督胡景伊令駐瀘州的第一師師長周駿發兵進攻重慶，由王陵基模範團及川軍第二、第三師編組為一支隊，由北路南下，由第四師師長劉存厚編組一支隊沿江東下。9月12日，黔軍占領重慶，討袁軍或被殺，或逃亡，很快瓦解。四川討袁之役失敗。1916年，護國軍第一軍總司令蔡鍔率中路主力軍經貴州畢節入川，國民黨籍的川軍將領熊克武、但懋辛等組織四川義軍，配合護國軍作戰。1917年12月8日，北京政府任命劉存厚為四川督軍，推舉熊克武為四川靖國各軍總司令。1918年2月20日，川滇黔靖國聯軍攻入成都，劉存厚等部退往陝南漢中地區。2月25日，唐繼堯自任熊克武為四川督軍兼省長。3月，孫中山正式任命熊克武為四川督軍。1918年熊克武任李蔚如為參謀長，但懋辛為第一師師長，喻培棣為第一旅旅長，餘際唐為全川江防司令兼重慶鎮守使，張衝為督軍署警衛團長及第二混成旅旅長，吳秉均為兵工廠兼造幣廠廠長，劉光烈為政務廳長，以掌握四川的軍、民、財大權。至此，國民黨九人團形成。1920年春，國民黨實業團與楊庶堪聯合滇黔軍發動了倒熊之戰。不久，熊克武退往閬中後，將部隊進行整編，以但懋辛為第一軍軍長，劉湘為第二軍軍長，劉成勳為第三軍軍長。依劉湘之計，把劉存厚在漢中請回四川，合作驅逐滇黔軍及呂超等部。表示同意，熊克武聯絡劉存厚，發動靖川之戰。此戰，熊克武將滇、黔軍全部趕出四川，結束了滇、黔軍閥控製四川的局麵。同時，實業團的勢力亦遭到嚴重的挫敗，戰後，所有實業團高級軍官一律被逐出四川，楊庶堪亦辭去省長職離川赴廣州。1921年驅劉之戰，劉存厚遺留在四川的部隊被熊克武各軍收編。經此兩役，國民黨九人團的地位得到進一步鞏固。