到了春秋戰國時期，五方配五色的說法流行後，四象就分別配上了顏色，成為東方青（蒼）龍，南方朱雀，西方白虎，北方玄武（龜蛇）。從史料記載來看，中國四象最先產生，再創立四獸的同時，也創立了二十八宿。所謂二十八宿，即中國古代天文學家將黃道（太陽和月亮所經天區）的恒星分成二十八個星座，稱“二十八宿”。“宿”者，指星的位次和集合體，即一撮星也二十八宿以北鬥（大熊星座）鬥柄所指角宿為起點，由西向東排列，它們的名稱與四象關係為：
東方蒼龍七宿：角、亢、氐、房、心、尾、箕；
北方玄武七宿：鬥、牛、女、虛、危、室、壁；
西方白虎七宿：奎、婁、胄、昂、畢、觜、參；
南方朱雀七宿：井、鬼、柳、星、張、翼、軫；
古人崇拜星宿是因為星體的存在和運行有著極大的神秘感，同時，人們還可根據星辰來確定方位和測定季節時令。二十八與三垣（紫微垣、太微垣、天市垣）結合在一起，成為中國古代劃分天區的標準。二十八宿體係不僅是古人觀測日、月、五星位置的坐標，而且有些星宿還用來測定歲實季節的變化。
至於龜蛇，也是古代有名的神靈。龜為“四靈”（龍、鳳、麟、龜）之一。早在殷商時代，就有神龜知人情、知吉凶，可充當神人之間媒介的說法。
龜能明於陰陽，審於弄德。先知利害，察於禍福。保佑勝戰，以及長生不老，行氣道引，使人致富等神性，竟稱（龜者天下之寶也）！
有名的（河圓洛書）這一典故，一與龜有關。《易·辭上》謂：“河出圖，洛出書。聖人則之”。傳說，伏羲氏時，有龍馬從黃河出現，背負者“河圖”；有神龜從洛水出現，背負者洛書。於是伏羲氏根據這個“圖”、“書”書畫成了八卦，此即《周易》之來源。
據宋朝方田子編撰《太上說玄天玄武本傳神咒妙經》記載，太上老君八十二化身為玄武，黃帝紫雲元年托胎於淨樂國善勝皇後，於三月初三降臨人間。王太子不願繼承王位，潛心會道，十五歲辭別父母進太和山修練。在絕壁的岩洞裏苦修四十二年，於九月初九的清晨，得道升天。非玄武不足當之”，自此，太和山改名為武當山。
北遊記
玄帝真武者，蓋起於宋代羽客之言，即《元洞玉曆記》（《三教搜神大全》一引）所謂元始說法於玉清，下見惡風彌塞，乃命周武伐紂以治陽，玄帝收魔以治陰，“上賜玄帝披發跣足，金甲玄袍，皂纛玄旗，統領丁甲，下降凡世，與六天魔王戰於洞陰之野，是時魔王以坎離二炁，化蒼龜巨蛇，變現方成，玄帝神力攝於足下，鎖鬼眾於酆都大洞，人民治安，宇內清肅”者是也，元嚐加封，明亦崇奉。此傳所言，間符舊說，但亦時竊佛傳，雜以鄙言，盛誇感應，如村巫廟祝之見。初謂隋煬帝時，玉帝當宴會之際，而忽思凡，遂以三魂之一，為劉氏子，如來三清並來點化，乃隱蓬萊；又以凡心，生哥闍國，次生西霞，皆是王子，蒙天尊教，舍國出家，功行既完，上謁玉帝，封蕩魔天尊，令收天將；於是複生為淨洛國王子，得鬥母元君點化，入武當山成道。玄帝方升天宮，忽見妖氣起於中界，知即天將，擾亂人間，乃複下凡，降龜蛇怪，服趙公明，收雷神，獲月孛及他神將，引以朝天。玉帝即封諸神為玄天部將，計三十六員。[4]
玄武的人格化過程是漫長的，最終完成於北宋。道士們將玄武形象描述為“披發黑衣，仗劍蹈龜蛇，從者執黑旗”。“淨樂國王太子，遇天神，授以寶劍，入武當山修道。久之，無所得，欲出山。見一老嫗操鐵杵磨石上，問磨此何為，曰：「為針耳。」曰：「不亦難乎？」嫗曰：「功久自成。」真武悟。遂精修四十二年，白日衝舉”[5]。隻要功夫深，鐵杵磨成針。這個故事不僅以其深刻的哲理啟示著後人，同時也在暗示著人們，玄武是真實存在的，這位王太子如果不是紫氣元君化做一位老太婆以鐵杵磨針點化他，他將耐不住深山老林中的寂寞和風餐露宿的折磨而功虧一簣。
玄天上帝的加封
在北宋之前，道教就完成了玄武從動物崇拜到人、再由人到神的塑造。到了南宋，玄武地位、神格逐步升級，曆代皇帝屢加聖號，崇奉至極。武當山也由此形成了以崇奉玄武為主要特征的武當道教。
自宋代起，幾乎曆代的封建皇帝都極力推崇玄武，扶植武當道教，以至到了明朝，武當道教從興隆走向鼎盛，武當山成了全國最大的道場。
要說各代皇帝推崇玄武的原因，則要講講玄武升天後的作為。玄武升天後，道教傳說中的彼岸世界——天界裏，魔妖迭起，打鬥廝殺。元始天尊在天宮中說法傳道時，黑毒血光穢雜之氣都衝進了南天門。元始天尊盛怒之下，命玄武鎮魔除妖。玄武以其勇猛，率三十萬天兵天將一夜之間降伏了妖魔。“始判六天”就是對他那次出征戰績的評價。打那以後，元始天尊就命玄武鎮守北方，並要經常下降到人間“普福生靈，操扶社稷”。
這位維護天界秩序的猛將下降到人間自然也是保皇權、扶社稷的靈應之神。考察曆代封建皇帝對玄武的封號，幾乎都少不了“保祚佑聖、護國定亂、社稷家神”等內容。據史書記載，明成祖朱棣以“清君側”名義發兵誓師時，就曾扮成了玄武“披發仗劍”的形象。
明成祖朱棣奪取皇位後，把武當道教推上了頂峰。這位皇帝從營建武當道場的勘測設計，遣功臣貴戚現場督工，到武當道人如何修持等都親下聖旨。明永樂年間，通往武當天柱峰的一百四十華裏的神道兩旁丹牆翠瓦，布滿了建築。宮觀廟宇，經堂道房多達兩萬間。武當山以“治世玄嶽”的崇高地位成為全國的道教活動中心。
宋代首先出現玄武的人格化圖像。據《夷堅支誌》景卷三，宋孝宗時進士葉方，曾得到一張舊畫，上書“真武仗劍坐石上，一神將甚雄猛，持斧拱立於旁”，有人疑是唐吳道子畫，恐怕不可靠，但這是早期玄武真君像無疑。在此基礎上，玄武神像又有了進一步的發展，變得極有特色，據宋人趙彥衛《雲麓漫鈔》繪其像為北方之神，被（披）發黑衣，仗劍踩龜蛇，從者執黑旗。這是玄武帝的標準像，後世真武的各種造像，均以此為準。
真武在宋代開始發揚光大，到了元代，蒙古皇帝也很迷信真武。元世祖忽必烈於至正四年（公元一三四四年）開始營建大都城，有龜蛇現於高梁河上（今北京西直門外），忽必烈昭群臣問吉祥。大臣承其意附合道：“國家受命朔方，上值虛、危（二宿），其神玄武，其應龜蛇，其德惟火，水勝火，國家其有宋乎！”當時，南宋還享有中國半壁江山，諸臣之言正中元世祖下懷，於是忽必烈下詔於其地建大昭應宮，以祀真武。元成宗時，加封真武為“元聖仁威玄天上帝”，成為北方最高神。但真武信仰遠到鼎盛，還是在明朝永樂年間。
明成祖（即永樂帝）朱棣是朱元璋第四子，被封在燕京（今北京）做燕王。始稱其貌奇偉、智擁有大略。朱元璋死後，他即以“清君側”，發動了靖難之變，反抗建文帝。朱棣與軍師道衍（即姚廣孝）合謀，在造反大軍誓師時，鼓吹真武“顯聖”：出祭，見被（披）發而旌旗者蔽天。成祖顧公（道衍）曰：“何神”？曰：“向固言之一吾師，北方之將玄武也。”於是，成祖即被發仗劍相應。
蒼帝化身
話說三皇之世，北俱蘆州，有個淨樂國王，娶妻善勝夫人。懷胎一十四月，生下一位世子，乃蒼帝化身。後來長大成人，棄國修道，成了正果。在上天為玉樞掌教北極天尊，在中為蕩魔無上上帝，再下為玄天真武大帝。
按《三教源流搜神大全》中所描繪的玄天上帝出身稍做參照：玄天上帝乃元始化身，太極別體，上三皇時下降為太始真人，中三皇時下降太元真人，下三皇下降為太乙真人，至黃帝時下降為玄天大帝。開皇初劫下世，紫雲元年，歲建甲午，三月初三甲寅庚午時，符太陽之精，脫胎化生，淨樂國王善勝夫人之腹孕秀一十四月，則太上八十二化也。玄元聖祖八十二次化身，化為玄武大帝，大帝即凡而玄妙哉！然其玄武應化之因，故之玄武顯靈之驗。
道教神“玄天上帝”的奉祀曆史，源遠流長，在東漢道教未創立之前，已經有玄武的記載，玄武就是龜和蛇；是二十八星宿中北方星神；也是水神。唐代玄武信仰有所流傳，地位也逐漸升高，但他的神位顯著的改變也傳記的出現則是在宋代之時。
從曆代“玄天上帝”的傳記如：萬曆道藏；道藏輯書；道藏外書；四庫全書；三寶大有金書；混洞赤文：北遊記：三教源流搜神大全；曆代神仙通鑒；封神演義；諸神的起源；鬼神信仰的由來等記述，傳說之多收集之廣難以道計。
按“三寶大有金書”雲一氣分形歸虛，生五劫之宗，三清出號神景，化九光之始，太初溟幸玄極冥蒙中，有虛皇分區五劫，一曰龍漢；二曰赤明；三曰上皇；四曰延康；五曰開皇。當斯時也。天光未分，清蜀未判，則知三氣為天地之尊，九氣為萬真之本，是故，元始象先天，開明三景，造立天根，五文天廓，普植神靈，太極一判，天地始明，東分青九，南受丹三，西成白七，北歸玄五，中生黃一，號為五老，即玄黃植象之根也。五老各布始氣化成四靈以定四隅，周環六合，兩儀運呼其中，推成萬物。按此記載玄天上帝這先天來源為天氣五靈玄老太陰天一所化，源自於天地渾沌開時。早期道教的星宿崇拜的四靈信仰。
玄武乃元始化身，太極別體，上三皇時，下降為太始真人，中三皇時下降為太元真人，下三皇時下降為太乙真人，至黃帝時下降為玄天上帝。這是有開玄天上帝元始化身的記載，文中[元始]為元始天王，[太極別體]乃表明玄武的來源於天地位分之前。對於玄天上帝的生平曆程記載最為詳細的當推《混洞赤文》所載，玄帝乃於黃帝時下降，附太陽之精托胎於淨樂國善勝皇後身孕十四月，則太上八十二化也。是時正當上天開皇初劫下世歲建甲長三月戊長初三日甲寅庚午時，玄帝生而神靈，長而勇猛，不統王位，誓斷天下妖魔，救護群品，年十五辭父母而尋幽穀，內煉元真。玄帝念道專一，逐感“玉清經祖紫元君”傳授。“無極上君元君”告玄帝日：子可越海東遊，曆於翼珍下有山……玄帝乃如師言，越海東遊，而趕天帝受於寶劍，其名曰：北方黑馳哀角斷魔雄劍，子可佩此居山修煉，降服邪道收斬妖魔。
鯀和妻子的化身
真武（玄武）源於禹之父水神鯀。禹父鯀為鱉氏族酋長，死後化為三足鱉，鱉為其氏族圖騰。相傳鯀的妻子名“修巳”，修巳即“修蛇”。鯀為龜或鱉，其妻為蛇，正是龜蛇相交，即玄武圖上的龜蛇交尾之象。[6]
庇佑明朝諸帝
傳說，明太祖朱元璋曾獲真武大帝護佑而躲過敵兵追殺，登基後冊封其為玄天上帝。朱元璋與陳友諒交兵落敗遁入武當山，藏身真武廟內躲避追兵。被朱元璋扯破的蜘蛛網，在他進入藏身後，竟又自行愈合如舊，得以騙過追兵耳目，平安脫險。因此，朱元璋登基後，立即下旨改建廟宇，重塑神像，獻上“北極殿”匾額，開封真武大帝為玄天上帝，從此明朝各帝均奉玄天上帝為護國神祇，民間則尊之為北極玄天上帝。
明成祖朱棣崇奉真武，曾宣稱靖難起兵得勝乃真武相佑，朱棣更自詡為真武化身，禦用的監、司、局、廠、庫等衙門中，都建有真武廟，供奉真武大帝像。
北鬥七星人格化
玄武一詞，原是二十八宿中北鬥七星的總稱。屈原《楚辭》之《遠遊》篇有句稱：“召玄武而奔屬”。玄武七宿之形如龜蛇，故注稱，“玄武謂龜蛇，位在北方，故曰玄，身有鱗甲，故曰武”。
禮記載稱“前朱鳥，而後玄武”，朱鳥指的是南方七星，而玄武則是北方的七星，也就是北鬥七星。古人以為北極星是治天界的神，權力很大，因而在漢朝即頗受民間敬重，直到宋朝才將北鬥七星人格化。
玄武七宿之中有鬥宿。道教重視鬥星崇拜，稱“南鬥注生，北鬥注死”，凡是人從投胎之日起，就從南鬥過渡到北鬥。人之生命壽夭均由北鬥主其事。因此，人祈延生長壽，都要奉祀真武大帝。
玄天上帝的人格化既源於北鬥七星，其神像自不免與北鬥七星有關，宋代玄天上帝塑像多係披發赤足（或頭戴圓帽），手持北鬥七星劍，右腳踏蛇，左腳踏龜，亦可謂其來有自。
春秋戰國起，即有玄武人格化之記載，至東漢漢順帝，道教正式發萌以後，曆代帝王為永保帝業更極力推崇，更進一步使之人格化。
王子
據《太上說玄天大聖真武本傳神咒妙經》說，玄天上帝是太上老君第八十二次化身，托生於大羅境上無欲天宮，為淨樂國王及善勝皇後之子。皇後夢而吞日，覺而懷孕，經一十四月及四百餘辰，降誕於王宮。後既長成，遂舍家辭父母，入武當山修道，曆42年功成果滿，白日升天。玉皇大帝有詔，封為太玄，鎮於北方。
據《洞冥寶記引真武報恩經》及《神仙通鑒》，則謂：‘玄武帝乃淨樂國王之嫡子，其母善勝天後，入懷而有娠，誕降之期，正應虛危之宿，生有奇表，穎慧非常。國王後僅生帝一人，正位青宮，備極鍾愛。帝於問寢侍膳之餘，每念父母深恩，非常常服勞所能報答，遂舍青宮之貴，而入武當之山，踐形煉氣。
幾四十載，大道將成，值國王年邁，日夜係思，特遣五百壯軍，邀迎太子還朝嗣統。帝知力不能卻，劃地成澗，隔絕道途，五百壯軍，一齊感悟，解兵卸甲，願同入山，修真養性。後又數年，帝於九九之辰，功完行滿，向日飛升，五龍捧聖，上朝天闕，敕授真武，永鎮玄天，生身父母，榮享褒封，五百壯軍，亦授靈官之職。證果以後，帝追思往事，自明得道之由，作報恩經以訓世。
屠夫
台灣的北帝，一般被稱為玄天上帝，簡稱上帝公。在台灣的傳說中，玄天上帝並非一個王子，而是一個屠夫。
根據宋朝時代的民間傳說，玄天上帝原為一名屠夫，性情至孝，而以殺豬為業，直到晚年始悔悟自已的行業殺生太多，難積陰德，遂毅然放下屠刀，遁入深山修行。
某日偶遇仙人告知“山中有婦人分娩，速去幫忙。”他急忙趕到河邊，果見一婦人抱嬰兒，請其代洗產後汙物。但當他在河中洗濯時，卻見河中金光浮現，回首探視，婦人已不知所終。心中忽有所悟，認係觀音顯靈，以試探他修行的誠心，使得他更加堅定修行的決心。
屠夫潛心修行多年，忽得神意暗示，欲除殺生之罪，須刀割己腹，取出髒腑洗清罪過。於是屠夫即赴河邊剖腹，任令腸胃流入河中（一說是屠宰所得的豬腸、豬肚），他改過修行的至誠終於感動上蒼，準其升天成仙，是為玄天上帝。
但得道之後，其棄置河中的腸胃，胃變作龜妖、腸變作蛇妖，龜蛇兩妖四處作祟為禍人間。
這隻是清朝為了反對明朝國神真武大帝所編的謠言，不可信之。
民間謠言
在台灣民間謠傳，玄天上帝為了收服龜蛇二將，以自身所領的卅六天將為質，與保生大帝（或是呂純陽祖師）換取七星劍，故日夜以手提此劍，以免劍飛歸原主。
這乃是台灣民間信仰之中謬傳的言論，真武大帝神格崇高，在秦朝即變有轉玄武形像化為人型的祭祀，龜蛇二將是玄武型態的轉化，並非妖物，何來收服妖物之說，更何況是借劍的謬論。況且真武大帝得道的時間與保生大帝，呂祖師相差千年有餘，借劍之說，荒謬至極也。
北帝廟
北帝廟為崇拜北帝的廟宇，亦常作真武廟、玉虛宮、玄天宮、北極殿等眾多名稱，當中又以湖北武當山上的真武廟最為著名之聖地，北帝廟也多數散布於廣東珠江三角洲一帶各地，閩南、台灣亦多所建廟。
中國大陸的真武廟
中國大陸在宋、元開始陸續修建真武廟，當中武當山、宋代的建康（今南京）、臨安（今杭州）以及明代的南京、北京等地區大量、大規模地修築真武廟，寓意深刻，終成為祭拜北帝的三大中心之一。[2]
明成祖宣稱真武助靖難勝功，於各地廣奉真武。永樂十年（1412年）又敕隆平侯張信率軍夫廿餘萬人，大建真武祖庭武當山宮觀群，從而使武當山獲得了極大的發展，亦使武當山真武廟的香火達到了鼎盛巔峰。武當山同時是道教洞天福地中的眾多道教名山之一。山上的建築群目前被列為世界遺產，具有豐富的文化和曆史價值。另外安徽齊雲山也以奉祀真武而著名。
台灣玄天上帝廟
北極紫菱殿，位於高雄市旗津區複興裏，算是當地滿知名的廟。玄天上帝壽誕時有舉辦金龜王以及過七星平安橋的活動，是在高屏地區小有名氣的廟。
武昌宮是南投縣集集鎮的廟。早在清光緒29年1903年由地方士紳楊添壽、陳玉盛、陳鴨行三人發起募資雕塑（上帝公）神尊，真靈由湖北省武當山南岩宮分靈直降，對於渡世救人，救難、祈雨、醫病，不計其數，神威顯赫。武昌宮於民國79年由黃朝瓞先生，善心捐地470坪建廟基地，民國80年動工，曆經八年興建工程浩大耗資約新台幣7000萬元，於民國88年9月21日淩晨發生芮氏7.3級集集大地震，由於位居震中，宮廟整座倒塌，幸賴信徒在餘震中搶救神像。往後上帝公顯化神跡據傳胡須日漸長長，顯化神跡信徒虔誠參拜絡繹不絕。
林內進雄宮：其創建於日治時期的1930年代，由南投縣鬆柏坑（鬆柏嶺）分靈至此，於民國六十五（1976年）年間當時由總理蘇朝誥先主發起募款擴建。
下營北極殿玄天上帝廟：在明永曆十五年（西元1661年）鄭成功的部將劉國軒將軍發起創建，而成為台南下營區的信仰中心，鄉民稱之為大廟，距今已有三百餘年曆史悠久，以六姓共治為著稱，是全台最知名的玄天上帝廟之一，世界各地都有許多分靈。
北極殿，位於台南市中西區，為台灣最早的官建玄天上帝廟。創建於明鄭1665年，名列二級古跡。因為玄天上帝為明朝鎮邦護國之神，故明鄭官方設立此廟；廟中有明朝寧靖王所奉之匾“威靈赫奕”。
田中順天宮，坐落於彰化八卦山西麗田中地段北偶，開基祖玄天上帝起源於大陸湖北省武當山紫霄宮，來台灣也已有三百七十餘年曆史，也是當地最重要的信仰中心。