新伊犁大都督府成立後，廣福立即致電袁大化，要其讚助“共和”，遭到拒絕。但在北京袁世凱一再催促下，知大勢已去的袁大化被迫通電表示“遵旨承認國體共和”，北京政府遂電令新疆巡撫改為都督，派代表與伊犁議和。袁大化收到之後正式回電伊犁都督廣福，表示“願意和談解決新疆問題”。
迪化、伊犁雙方就和談的具體問題展開了交涉，最後確定以塔城為談判地點。同時，雙方達成協議，確定省方談判代表為張紹伯、楊增新、周得金以及朱瑞墀四人，而伊方為賀家棟、馮大樹與李輔黃三人，其中張紹伯與賀家棟分別為雙方的首席談判代表。
當伊犁談判代表抵達塔城，而這時南疆的革命風潮卻愈演愈烈，搞的袁大化焦頭爛額，於是，談判不得已被推遲了。
金兆龍到南疆之後，立刻聯絡各地哥老會，準備起事。南疆起義的重心是喀什地區。喀什位於世界屋脊帕米爾高原之東，是古代絲綢之路的重鎮。自古以來，這裏一直是南疆政治、經濟、文化、宗教、商貿、軍事的中心，且與俄國屬中亞三汗國、英屬印度等地接壤，戰略地位十分重要。因此，南疆起義能否成功，將直接關係到新疆全省能否被李想控製的成功與否。
喀什道尹袁鴻佑思想保守，反對革命。宣統退位後，袁鴻佑仍保留清朝年號、服飾儀規不變。他忠心耿耿的替袁大化籌集糧餉，鎮壓革命。
不過，喀什道這些部隊由於防區遼闊，部隊駐地分散，加之交通不便，消息傳遞較慢，因此部隊內部還是比較穩定的。這為起義的準備工作減去了不少的麻煩。
南疆能否和平光複，控製南北疆交通要道的阿克蘇道的態度至為關鍵。金兆龍單刀赴會，試探曾經供職阿克蘇道尹的楊增新，希望能通過分析時局，以期消除和平光複新疆的一塊障礙。
楊增新，漢族，雲南蒙自人。年，一九零七年入疆任新疆陸軍小學堂總辦，兼督練公所參議官，後升任阿克蘇道尹、辛亥年兼任新疆提法使。
“現在時局已是十分惡化，我們應該立即想出妥善的辦法。”金兆龍開門見山地說。接著他詳細地介紹了馬福祥在蘭州的義舉。最後暗示楊增新，到萬不得已時，為了新疆地方不致遭受破壞和軍民避免遭殃，也隻有走馬福祥的道路了。
楊增新當即硬棒棒的表示：“軍人以服從命令為天職，增新一切行動隻會服從上官命令！”
“清政府已經瓦解，南疆也要立即研究決定怎麽辦的問題。”金兆龍先對楊增新談了內地的軍事形勢，主要說的還是安西軍在玉門關枕戈待旦，然後說道：“如今時局將作何發展，尚難預料。因此，我們必須凡事謹慎為妙。”
因為時機尚未成熟，金兆龍沒有向楊增新透露他就是鄂州革命軍中統局大老板的身份。
接著，金兆龍試探地問道：“你看時局將如何發展呢？”
楊增新知道金兆龍在南疆哥老會的影響力，但是不知道他是那一方的人，因此，小心地回答道：“現在外麵議論較多。有人認為西北還有很多部隊，新疆部隊也不少，必要時還可請俄國派兵接應和購買其裝備來支援，總可以固守若幹時日。萬一同北京斷絕了聯絡，還可以像蒙古西藏一樣，宣布獨立。”
聽了楊增新的這番話，金兆龍心中頗感憤怒，“漢奸”兩個字差點就罵出口，但又不便否定他，所以沒有明確表態，隻含糊地說道：“現在各方麵的困難很多，將來情況變化莫測，還是要慎重考慮。”
末了，金兆龍特別交待了一句：“我們這次談話的內容一定要保密！”
金兆龍知道楊增新不可依靠，便背後指使同他一起從迪化流放到南疆的哥老會首領譚長穀暗中行事。
現任阿克蘇道尹陳正源、溫宿知縣王乃發，長期克扣軍餉，虛報冒領，中飽私囊，弄得軍無糧餉被服、馬元草料馬具。而且，其為人奸詐，性情暴烈，剛愎自用，激起了官兵的強烈不滿。
以此為契機，金兆龍、譚長穀通過哥老會鼓動激憤的新軍造反，戕殺阿克蘇道尹陳正源、溫宿知縣王乃發，掀開了南疆哥老會起義的序幕。
阿克蘇戕官案發後，楊增新急電阿克蘇鎮總兵查春華求救，聲稱：“譚長穀戕官造反，如不軍法從事，上行下效，必然釀成大禍。”
同時，譚長穀也至電阿克蘇鎮總兵查春華，慷慨陳詞：“阿克蘇道尹陳正源、溫宿知縣王乃發屢扣軍餉中飽私囊，官兵食不果腹，衣不遮體，弱不禁風，奄奄待斃。卑職一怒就斬了他，絕無背叛軍人武德之意，僅以殺貪官汙吏為目的。”
阿克蘇鎮總兵查春華在約見譚長穀並視察其所部後，知他所言不假，作了一番撫慰，並以銀元千塊、紙幣萬元分發官兵。接著命楊增新火速離開阿克蘇，以免事態擴大。
楊增新由此可知，查春華與會黨的關係非同一般，而在給北京袁世凱的密信中更有說“查春華係哥老會的重要首領”，阿克蘇戕官案“完全是查等所促使。”無論何種說法，但有一點可以肯定，此時阿克蘇的政權已經基本上被哥老會掌握。楊增新即使不肯走，也得走了。
阿克蘇戕官案發以後，南北疆交通中斷，以至於迪化“協餉斷絕，百物昂貴”，很快陷入了危機。而金兆龍又策動喀什哥老會另立袁鴻佑為傀儡都督，遇與袁大化分道揚鑣。
此後不久，焉耆哥老會也開始舉義。焉耆參將吳首懷設宴款待喀什道尹王學曾，請委員馬鴻賓、張銑等作陪。席間不久，張王二人即被闖入參將衙署的會黨連浚泉、何正魁、胡得才等七人用亂刀砍死。會黨奪得知府印信，召集人員百餘人，推連浚泉為管帶。
阿克蘇及焉耆兩地的戕官事件，衝破了南疆反動政權對伊犁的封鎖，重新打通了南疆與伊犁的聯合之路，對金兆龍在新疆開展革命活動起了重要作用。
不久，庫車會黨首領鍾冠華等戕殺知州毛英畏。
不久，輪台會黨首領王海龍、蕭秋舫戕殺縣令李華嵩。
麵對接連四起的戕官事件，袁大化聞風喪膽，惟恐性命不保。他電請北京政府要求辭職，並推薦喀什道尹袁鴻祜為新疆都督。北京袁世凱政府任命袁鴻祜為新疆都督，這就表明南疆與迪化的反動勢力已經公開聯合，開始共同對付革命力量。
袁鴻祜與袁大化一樣，同屬於頑固派，反對辛亥革命，反對民主共和。他任喀什道尹期間，曾多次“加征賦稅”，支持袁大化的反動統治，早使人民怨聲載道。後來又勒令官民剪發易服，但由於不顧及民族情感，操之過及，致使“眾論嘩然”，激起各族人民的極大憤慨。這樣一個反動官僚出任新疆都督，新疆的民主革命必將麵臨嚴重威脅。
在這種情況下，為防止迪化、喀什反動勢力重新合流，金兆龍又決定除掉袁鴻佑，聯絡喀什哥老會發動了起義。
起義時間選在袁鴻祜在赴迪化上任前夕。
當晚，袁鴻祜在家中大擺宴席。
乘此機會，喀什哥老會首領邊永福、魏得喜等帶領會黨將袁鴻祜夫婦戕殺，同時被戕殺的還有參加赴宴的參將湯殿恒、疏勒縣令張秉鐸、革職吏員張舒鍔等。起義勝利後，邊、魏二人將參加舉事的人編為新軍，二人分別任左、右管帶，管理當地事務。由於喀什是對外交通的要塞，故穩定局勢是哥老會首領要解決的首要問題。邊魏二人對此嚴格約束兵勇，維護社會治安，使商民人身及財產安全得到保障，在他們管理喀什期間，地方相安無事。哥老會在喀什的聲望頗高，很受當地人民擁護，連楊增新也承認“中外人民生命財產，毫無損失”。
相比南疆其他地區，喀什的戕官運動是影響最大的。喀什雖地處偏遠，但作為南疆重鎮，“為全省富庶之區，餉源所出，關係重要”。因此，受到袁大化的重視，他把喀什作為保餉源，保新疆的一個重要基地。
袁鴻佑遇刺後，南疆基本上成了革命黨人的天下，迪化也是“風聲鶴唳，人心惶駭”。於是，袁大化再也坐不住了，隻得向袁世凱舉薦楊增新為都督。
楊增新自從被金兆龍趕出南疆後，他以鎮壓革命為名，招募迪化附近的回民當兵，組成回隊五營，稱為“新軍”。然南疆戕官運動爆發後，袁大化讓他帶兵到南疆平亂，他百般敷衍，按兵不動，他還積極擺出擁護“共和”，力促新伊“和解”的姿態。因此，不少伊犁軍民受到欺騙，都十分屬意楊增新出任都督。
北京袁世凱政府發布命令，任命楊增新為新疆都督。袁大化被迫宣布辭職。載瀾也攜眷繞道西伯利亞，經庫倫返回沈陽。楊增新憑借其精明與實力上台，受袁世凱密令，繼續主持與伊犁和平談判，同時“剿撫”南疆，鎮壓伊犁以外南疆各地的革命運動。
然而，袁大化去職以及主和派楊增新上台，卻在軍隊中引發了不小的騷動。新疆陸軍因為受到楊增新的排擠而極度不滿，尤其是原先叛變伊犁的蔡樂善部，非常害怕和談成功後遭到伊犁方麵的報複，因此情緒激憤。於是，有人建議蔡樂善發動兵變，製造緊張空氣，甚至殺掉楊增新，以破壞袁大化東歸企圖。
楊增新新任都督時，蔡部官兵在迪化騎馬繞城，大呼開槍，製造混亂。楊增新則添募回隊千人，準備鎮壓，戰爭一觸即發。袁大化擔心局勢進一步惡化，決定從速離開迪化。於是，第二天清晨，他帶領部屬多人悄悄出城，離開省城，後經哈密回到關內。至此，楊增新正式接管了迪化。